asn2fsa - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

asn2fsa - конвертировать данные биологической последовательности из ASN.1 в FASTA

СИНТАКСИС

asn2fsa [-] [-A акк] [-D] [-E] [-H] [-L имя файла] [-T] [-a напишите] [-b] [-c] [-d путь]
[-e N] [-f путь] [-g] [-h имя файла] [-i имя файла] [-k] [-l] [-m] [-o имя файла] [-p путь]
[-q имя файла] [-r] [-s] [-u] [-v имя файла] [-x ул] [-z]

ОПИСАНИЕ

asn2fsa преобразует данные биологической последовательности из ASN.1 в FASTA.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

Сводка опций приведена ниже.

- Распечатать сообщение об использовании

-A акк Присоединение к выборке

-D Используйте тире для разрыва

-E Расширенные Seq-ID

-H HTML промежутки

-L имя файла
Журнальный файл

-T Использовать потоки

-a напишите
Введите тип ASN.1:
Автоматически (по умолчанию)
z Любые
e Запись последовательности
б биосек
s Bioseq-набор
m Seq-отправить
t пакетная обработка (подходит для официальных выпусков; автоматически определяет определенный тип)

-b Bioseq-набор бинарный

-c Bioseq-set сжатый

-d путь
Путь к базе данных ReadDB

-e N Длина строки (по умолчанию 70; может варьироваться от 10 до 120)

-f путь
Путь к индексированным данным FASTA

-g Расширить дельта-пробелы до Ns

-h имя файла
Имя выходного файла кэша удаленных компонентов

-i имя файла
Один файл ввода (стандартный ввод по умолчанию)

-k Локальная загрузка

-l Заблаговременно заблокируйте компоненты

-m Основной стиль для почти сегментированных последовательностей

-o имя файла
Имя выходного файла нуклеотидов

-p путь
Путь к файлам ASN.1

-q имя файла
Имя выходного файла оценки качества

-r Удаленная загрузка из NCBI

-s Дальний геномный контиг для показателей качества

-u Рекурсивный

-v имя файла
Имя выходного файла белка

-x ул Подстрока выбора файла (.ent по умолчанию) [String]

-z Разрыв в показателе качества печати равен -1

Используйте asn2fsa онлайн с помощью сервисов onworks.net