gmx-analysis - Онлайн в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

gmx-analyse - анализирует наборы данных

СИНТАКСИС

gmx analysis [-f [<.xvg>]] [-ac [<.xvg>]] [-мсд [<.xvg>]] [-cc [<.xvg>]]
[-расстояние [<.xvg>]] [-средний [<.xvg>]] [-ее [<.xvg>]]
[-bal [<.xvg>]] [-подобный [<.xvg>]] [-g [<.log>]] [-[Теперь]
[-xvg ] [-[нет времени] [-b ] [-e ]
[-n ] [-[кивок] [-BW ] [-ошибка ]
[- [нет] интегрировать] [-aver_start ] [- [нет] xydy]
[- [нет] регресса] [- [нет] лузар] [-темп ]
[-фитстарт ] [-фитенд ] [-фильтр ]
[-[Нет питания] [- [нет] субав] [- [нет] oneacf] [-acflen ]
[- [нет] нормализовать] [-P ] [-fitfn ]
[-beginfit ] [-эндфит ]

ОПИСАНИЕ

GMX анализировать читает файл ASCII и анализирует наборы данных. Строка во входном файле может
начать со времени (см. вариант -время) и любое количество y-значения могут последовать. Несколько наборов
также могут быть прочитаны, если они разделены & (опция -n); в данном случае только один y-value
читается из каждой строки. Все строки, начинающиеся с # и @, пропускаются. Все анализы могут
также должно быть сделано для производной набора (вариант -d).

Все варианты, кроме -средний и -мощность, предположим, что точки равноудалены во времени.

GMX анализировать всегда показывает среднее и стандартное отклонение каждого набора, а также
относительное отклонение третьего и четвертого кумулянта от гауссовского распределения
с таким же стандартным отклонением.

Опция -ac производит автокорреляционную функцию (ы). Убедитесь, что временной интервал
между точками данных намного короче, чем временной масштаб автокорреляции.

Опция -cc изображает сходство набора i с косинусом i / 2 периодов. Формула:

2 (интеграл от 0 до T от y (t) cos (i pi t) dt) ^ 2 / интеграл от 0 до T от y ^ 2 (t) dt

Это полезно для главных компонент, полученных из ковариационного анализа, поскольку
главные компоненты случайной диффузии - чистые косинусы.

Опция -мсд производит среднеквадратичное смещение (я).

Опция -расстояние производит график (ы) распределения.

Опция -средний производит среднее по множествам. Планки погрешностей могут быть добавлены с опцией
-ошибка. Полосы ошибок могут представлять стандартное отклонение, ошибку (при условии, что
точки независимы) или интервал, содержащий 90% точек, отбрасывая 5%
точки вверху и внизу.

Опция -ее производит оценки ошибок, используя усреднение блоков. Набор разделен на ряд
блоков и средние рассчитываются для каждого блока. Ошибка для общего среднего составляет
вычисляется из дисперсии между средними значениями m блоков B_i следующим образом: error ^ 2 =
сумма (B_i - ) ^ 2 / (m * (m-1)). Эти ошибки отображаются в зависимости от размера блока.
Также строится кривая среднего аналитического блока, предполагая, что автокорреляция
сумма двух экспонент. Аналитическая кривая среднего по блоку:

f (t) = sigma`` * `` sqrt (2 / T (alpha (tau_1 ((exp (-t / tau_1) - 1) tau_1 / t + 1)) +
(1-альфа) (тау_2 ((ехр (-t / тау_2) - 1) тау_2 / т + 1)))),

где T - полное время. alpha, tau_1 и tau_2 получаются путем подгонки f ^ 2 (t) к
ошибка ^ 2. Когда фактическое среднее значение блока очень близко к аналитической кривой, ошибка
является сигма`` * `` sqrt (2 / T (a tau_1 + (1-a) tau_2)). Полный вывод приведен в Б.
Hess, J. Chem. Phys. 116: 209-217, 2002.

Опция -bal находит и вычитает сверхбыструю "баллистическую" составляющую водородной связи
автокорреляционная функция путем подбора суммы экспонент, как описано, например, в О.
Маркович, J. Chem. Phys. 129: 084505, 2008. Самый быстрый термин - тот, у которого больше всего
отрицательный коэффициент в экспоненте, или с -d, с самым отрицательным временем
производная в момент времени 0. -nbalexp устанавливает количество подходящих экспонент.

Опция -жемчужина соответствует бимолекулярным константам скорости ka и kb (и, возможно, kD) к водороду
автокорреляционная функция связи согласно модели обратимой геминальной рекомбинации.
Настоятельно рекомендуется сначала удалить баллистический компонент. Модель представлена ​​в О.
Маркович, J. Chem. Phys. 129: 084505, 2008.

Опция -фильтр печатает среднеквадратичные высокочастотные колебания каждого набора и всех наборов
относительно фильтрованного среднего. Фильтр пропорционален cos (pi t / len), где t
изменяется с -len / 2 на len / 2. len поставляется с опцией -фильтр. Этот фильтр уменьшает
колебания с периодом len / 2 и len в 0.79 и 0.33 раза соответственно.

Опция -g соответствует данным функции, заданной с опцией -fitfn.

Опция -мощность подгоняет данные к bt ^ a, что достигается путем подгонки к at + b на
логарифмическая шкала. Все точки после первого нуля или с отрицательным значением игнорируются.

Опция -лузар выполняет анализ кинетики Luzar & Chandler на выходе из GMX облигация,
входной файл можно взять прямо из GMX облигация -ac, и тогда такой же результат должен быть
производится.

Опция -fitfn выполняет подгонку кривой к ряду различных кривых, которые имеют смысл в
в контексте молекулярной динамики, в основном экспоненциальные кривые. Более подробная информация в
руководство по эксплуатации. Чтобы проверить результат процедуры подгонки, опция -подобный напечатает оба
исходные данные и подобранная функция в новый файл данных. Подгоночные параметры:
сохраняется как комментарий в выходном файле.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

Параметры для указания входных файлов:

-f [<.xvg>] (график.xvg)
xvgr / xmgr файл

Параметры для указания выходных файлов:

-ac [<.xvg>] (автокоррекция.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-мсд [<.xvg>] (msd.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-cc [<.xvg>] (coscont.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-расстояние [<.xvg>] (дистр.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-средний [<.xvg>] (средний.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-ее [<.xvg>] (errest.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-bal [<.xvg>] (ballisitc.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-подобный [<.xvg>] (встроенный.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-g [<.log>] (фитлог.лог) (Опционально)
Журнальный файл

Другие варианты:

-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов

-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none

-[нет времени (да)
Ожидайте время на входе

-b (-1)
Первое чтение из набора

-e (-1)
Последний раз читать из набора

-n (1)
Прочтите это количество наборов, разделенных &

-[кивок (Нет)
Используйте производную

-BW (0.1)
Binwidth для раздачи

-ошибка (Нет)
Планки погрешностей для -средний: нет, стандартное отклонение, ошибка, 90

- [нет] интегрировать (Нет)
Интегрируйте функции данных численно, используя правило трапеции

-aver_start (0)
Начните усреднение интеграла отсюда

- [нет] xydy (Нет)
Интерпретировать второй набор данных как ошибку значений y для интегрирования

- [нет] регресса (Нет)
Выполните линейный регрессионный анализ данных. Если -ксиди установлен второй набор будет
интерпретироваться как полоса ошибок в значении Y. В противном случае, если несколько наборов данных
присутствуют, будет выполнена полилинейная регрессия, в результате чего будет получена константа A, которая
минимизировать chi ^ 2 = (y - A_0 x_0 - A_1 x_1 - ... - A_N x_N) ^ 2, где теперь Y - первое
набор данных во входном файле и x_i в остальных. Прочтите информацию на
вариант -время.

- [нет] лузар (Нет)
Проведите анализ Лузара и Чендлера корреляционной функции и связанных, как произведено
by GMX облигация. Когда вдобавок -ксиди флаг дан во втором и четвертом столбце
будут интерпретироваться как ошибки в c (t) и n (t).

-темп (298.15)
Температура для анализа кинетики водородных связей Лузара (K)

-фитстарт (1)
Время (пс), с которого нужно начинать подгонку корреляционных функций, чтобы получить
прямые и обратные константы скорости разрушения и образования HB

-фитенд (60)
Время (пс), когда нужно прекратить подгонку корреляционных функций, чтобы получить
прямые и обратные константы скорости разрушения и образования ГБ. Только с -жемчужина

-фильтр (0)
Выведите высокочастотное колебание после фильтрации с помощью косинусоидального фильтра этого


-[Нет питания (Нет)
Подогнать данные к: bt ^ a

- [нет] субав (да)
Вычтите среднее значение перед автокорреляцией

- [нет] oneacf (Нет)
Рассчитайте одну АКФ для всех наборов

-acflen (-1)
Длина ACF, по умолчанию - половина количества кадров

- [нет] нормализовать (да)
Нормализовать ACF

-P (0)
Порядок полинома Лежандра для ACF (0 означает отсутствие): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Нет)
Функция подгонки: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-beginfit (0)
Время, с которого начинается экспоненциальная аппроксимация корреляционной функции

-эндфит (-1)
Время, когда заканчивается экспоненциальная аппроксимация корреляционной функции, -1 - до тех пор, пока
конец

Используйте gmx-analysis онлайн с помощью сервисов onworks.net