Это команда gmx-check, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-check - проверка и сравнение файлов
СИНТАКСИС
GMX проверить [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-f2 [<.xtc / .trr / ...>]] [-s1 [<.tpr>]]
[-s2 [<.tpr>]] [-c [<.tpr / .gro / ...>]] [-e [<.edr>]]
[-e2 [<.edr>]] [-n [<.ndx>]] [-m [<.tex>]] [-vdwfac ]
[-бонло ] [-бонхи ] [- [нет] среднеквадратичное значение] [-тол ]
[-абстол ] [- [нет] ab] [- застежка ]
ОПИСАНИЕ
GMX проверка читает траекторию (.tng, .трр or .xtc), энергетический файл (.edr) или индексный файл
(.ndx) и распечатывает полезную информацию о них.
Опция -c проверяет наличие координат, скоростей и поля в файле, для закрытия
контакты (меньше, чем -vdwfac и не связаны, т.е. не между -бонло и -бонхи, все
относительно суммы радиусов Ван-дер-Ваальса) и атомов вне ящика (они могут
возникают часто и не вызывают проблем). Если скорости присутствуют, расчетная температура будет
рассчитываться из них.
Если указан индексный файл, его содержимое будет суммировано.
Если и траектория, и .tpr файла даны (с -s1) программа проверит,
длины связей, определенные в файле tpr, действительно соответствуют траектории. Если бы не ты
могут иметь несовпадающие файлы, например, из-за перетасовки или из-за проблем с виртуальными сайтами.
С этими флагами GMX проверка обеспечивает быструю проверку таких проблем.
Программа может сравнивать два прогона ввода (.tpr) файлы, когда оба -s1 и -s2 поставляются.
Аналогичным образом можно сравнить пару файлов траекторий (используя -f2 вариант) или пара
файлы энергии (используя -e2 опция).
Для моделирования свободной энергии топология состояний A и B из одного входного файла запуска может быть
по сравнению с вариантами -s1 и -ab.
В том случае, -m указан флаг, файл LaTeX будет записан, состоящий из грубого контура
для раздела методов для статьи.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Параметры для указания входных файлов:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (Опционально)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг
-f2 [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (Опционально)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг
-s1 [<.tpr>] (top1.tpr) (Опционально)
Входной файл Portable xdr run
-s2 [<.tpr>] (top2.tpr) (Опционально)
Входной файл Portable xdr run
-c [<.tpr / .gro / ...>] (топол.тпр) (Опционально)
Структура + масса (дБ): TPR Гру g96 PDB брк энт
-e [<.edr>] (энерг.эдр) (Опционально)
Энергетический файл
-e2 [<.edr>] (ener2.edr) (Опционально)
Энергетический файл
-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл
Параметры для указания выходных файлов:
-m [<.tex>] (доктекс) (Опционально)
LaTeX файл
Другие варианты:
-vdwfac (0.8)
Доля суммы радиусов VdW, используемая в качестве предупредительной отсечки
-бонло (0.4)
Мин. фракт. суммы радиусов ВдВ для связанных атомов
-бонхи (0.7)
Максимум. фракт. суммы радиусов ВдВ для связанных атомов
- [нет] среднеквадратичное значение (Нет)
Вывести RMSD для x, v и f
-тол (0.001)
Относительный допуск для сравнения реальных значений определяется как 2 * (ab) / (| a | + | b |)
-абстол (0.001)
Абсолютная терпимость, полезная, когда суммы близки к нулю.
- [нет] ab (Нет)
Сравните топологию A и B из одного файла
- застежка
Последний энергетический термин для сравнения (если не указан, проверяются все). Имеет смысл подняться
до давления.
Воспользуйтесь gmx-check онлайн с помощью сервисов onworks.net
