gmx-bundle - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

gmx-bundle - анализирует связки осей, например спирали

СИНТАКСИС

пакет gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ол [<.xvg>]] [-од [<.xvg>]] [-унция [<.xvg>]]
[-от [<.xvg>]] [-отр [<.xvg>]] [-отл [<.xvg>]]
[-Хорошо [<.xvg>]] [-окр [<.xvg>]] [-окл [<.xvg>]]
[-оа [<.pdb>]] [-b ] [-e ] [-дт ]
[-ту ] [-xvg ] [созданный ] [- [нет] г]

ОПИСАНИЕ

GMX пакет анализирует связки осей. Оси могут быть, например, осями спирали. Программа
читает две группы индексов и разделяет их на созданный части. Центры масс этих
части определяют вершины и основания осей. В файл записывается несколько величин:
длина оси, расстояние и z-сдвиг средних точек оси относительно
средний центр всех осей, общий наклон, радиальный наклон и боковой наклон с
относительно средней оси.

С опциями -Хорошо, -окр и -окл общие, радиальные и боковые перегибы осей равны
нанесен. Требуется дополнительная индексная группа атомов кинка, которая также делится на созданный
части. Угол перегиба определяется как угол между верхним и нижним перегибами.
векторы.

С опцией -оа верх, середина (или изгиб, когда -Хорошо задано), а нижние точки каждой оси
написано в .pdb файл каждый кадр. Номера остатков соответствуют номерам осей.
При просмотре этого файла с помощью Rasmol используйте параметр командной строки -нмрпдб, и введите набор ось
правда для отображения опорной оси.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

Параметры для указания входных файлов:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг

-s [<.tpr / .gro / ...>] (топол.тпр)
Структура + масса (дБ): TPR Гру g96 PDB брк энт

-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл

Параметры для указания выходных файлов:

-ол [<.xvg>] (bun_len.xvg)
xvgr / xmgr файл

-од [<.xvg>] (bun_dist.xvg)
xvgr / xmgr файл

-унция [<.xvg>] (bun_z.xvg)
xvgr / xmgr файл

-от [<.xvg>] (bun_tilt.xvg)
xvgr / xmgr файл

-отр [<.xvg>] (bun_tiltr.xvg)
xvgr / xmgr файл

-отл [<.xvg>] (bun_tiltl.xvg)
xvgr / xmgr файл

-Хорошо [<.xvg>] (bun_kink.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-окр [<.xvg>] (bun_kinkr.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-окл [<.xvg>] (bun_kinkl.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-оа [<.pdb>] (оси.pdb) (Опционально)
Файл банка данных белков

Другие варианты:

-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории

-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории

-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)

-ту (Пс)
Единица для значений времени: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none

созданный (0)
Количество осей

- [нет] г (Нет)
Использовать z- ось в качестве опорной вместо средней оси

Используйте gmx-bundle онлайн с помощью сервисов onworks.net