АнглийскийФранцузскийИспанский

Значок OnWorks

gmx-make_ndx - Интернет в облаке

Запустите gmx-make_ndx в провайдере бесплатного хостинга OnWorks через Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.

Это команда gmx-make_ndx, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.

ПРОГРАММА:

ИМЯ


gmx-make_ndx - Создает индексные файлы

СИНТАКСИС


gmx make_ndx [-f [<.gro / .g96 / ...>]] [-n [<.ndx> [...]]] [-o [<.ndx>]]
[-атомы ] [-[не выиграл]

ОПИСАНИЕ


Индексные группы необходимы почти для каждой программы GROMACS. Все эти программы могут
генерировать группы индексов по умолчанию. Вам нужно ТОЛЬКО использовать GMX make_ndx когда вам нужно СПЕЦИАЛЬНОЕ
индексные группы. Для всей системы существует группа индексов по умолчанию, 9 групп индексов по умолчанию
для белков, а группа индексов по умолчанию создается для каждого другого имени остатка.

Если индексный файл не указан, также GMX make_ndx сгенерирует группы по умолчанию. С участием
редактор указателя, который вы можете выбрать по именам и номерам атомов, остатков и цепочек. Когда бежать
входной файл предоставляется, вы также можете выбрать тип атома. Вы можете использовать НЕ, И и ИЛИ, вы
могут разбивать группы на цепочки, остатки или атомы. Вы можете удалять и переименовывать группы.

Нумерация атомов в редакторе и индексном файле начинается с 1.

" -близнец switch дублирует все группы индексов со смещением -атомы, что полезно
для вычислительной электрофизиологии двухслойных мембранных установок.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ


Параметры для указания входных файлов:

-f [<.gro / .g96 / ...>] (конф.гро) (Опционально)
Файл структуры: Гру g96 PDB брк энт особенно TPR

-n [<.ndx> [...]] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл

Параметры для указания выходных файлов:

-o [<.ndx>] (индекс.ndx)
Индексный файл

Другие варианты:

-атомы (0)
установить количество атомов (по умолчанию: читать из координатного или индексного файла)

-[не выиграл (Нет)
Дублируйте все группы индексов со смещением -natoms

Используйте gmx-make_ndx онлайн с помощью сервисов onworks.net


Бесплатные серверы и рабочие станции

Скачать приложения для Windows и Linux

  • 1
    Кратер
    Кратер
    Crater - это сеть с открытым исходным кодом и
    мобильное приложение для выставления счетов, созданное специально для
    фрилансеры и малый бизнес.
    Это полное решение для выставления счетов
    тебе нужно...
    Скачать Кратер
  • 2
    formkiq-ядро
    formkiq-ядро
    FormKiQ Core — документ с открытым исходным кодом
    Система управления (DMS), доступная для
    работать как безголовое программное обеспечение или с
    веб-клиент, развернутый на вашем
    Амазонка Мы...
    Скачать formkiq-core
  • 3
    Черная пятница
    Черная пятница
    Blackfriday - это процессор Markdown
    реализовано в Go. Это параноик насчет
    его ввод (так что вы можете спокойно кормить его
    данные, предоставленные пользователем), это быстро,
    поддерживает c ...
    Скачать Черная пятница
  • 4
    Источник QNAP NAS GPL
    Источник QNAP NAS GPL
    Исходный код GPL для QNAP Turbo NAS.
    Аудитория: Разработчики. Пользовательский интерфейс:
    Интернет. Язык программирования: C,
    Джава. Категории:Система, Хранилище,
    Операционная система Кер...
    Загрузить исходный код QNAP NAS GPL
  • 5
    глубокая очистка
    глубокая очистка
    Скрипт Kotlin, уничтожающий все сборки
    кеши из проектов Gradle/Android.
    Полезно, когда Gradle или IDE позволяют
    вниз. Скрипт протестирован на
    макОС, но...
    Скачать глубокую очистку
  • 6
    Подключаемый модуль Eclipse Checkstyle
    Подключаемый модуль Eclipse Checkstyle
    Плагин Eclipse Checkstyle
    интегрирует Java-код Checkstyle
    аудитор в Eclipse IDE. В
    плагин предоставляет обратную связь в режиме реального времени
    пользователь о нарушении ...
    Скачать подключаемый модуль Eclipse Checkstyle
  • Больше »

Команды Linux

Ad