Это команда hhalign, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
hhalign - согласовать выравнивание запроса / HMM с выравниванием шаблона / HMM
СИНТАКСИС
халин -i запрос [-t шаблон] [кредита]
ОПИСАНИЕ
HHalign версии 2.0.16 (январь 2013 г.) Выравнивание выравнивания запроса / HMM по шаблону
выравнивание / HMM путем выравнивания HMM-HMM Если дано только одно выравнивание / HMM, оно сравнивается с
саму себя и лучшее выравнивание по диагонали плюс все дополнительные выравнивания без перекрытия
выше порога значимости. Реммерт М., Бигерт А., Хаузер А. и Содинг Дж.
HHblits: Молниеносный итеративный поиск белковой последовательности с помощью выравнивания HMM-HMM. Nat.
Методы 9: 173-175 (2011). (C) Йоханнес Сёдинг, Майкл Реммерт, Андреас Бигерт, Андреас
Hauser
-i
выравнивание входного запроса (fasta / a2m / a3m) или файл HMM (.hhm)
-t
выравнивание входного шаблона (fasta / a2m / a3m) или файл HMM (.hhm)
Результат опции:
-o
записать выравнивание вывода в файл
-фас
записать выравнивания в FASTA, A2M (-oa2м) или A3M (-oa3м) формат
-Oa3м
записать выравнивание запроса в формате a3m в файл (по умолчанию = нет)
-Аа3м
добавить в файл выравнивание запроса в формате a3m (по умолчанию = нет)
-таб
записать выравнивание в виде таблицы (с апостериориями) в файл (по умолчанию = нет)
-индекс использовать данное выравнивание для расчета оценки Витерби (по умолчанию = нет)
-v
подробный режим: 0: без вывода на экран 1: только предупреждения 2: подробный
-seq [1, инф [макс. количество отображаемых последовательностей запросов / шаблонов (по умолчанию = 1)
-ноконы
не показывать согласованную последовательность при выравнивании (по умолчанию = показывать)
-нопред
не показывать прогнозируемую 2-ю структуру в выравниваниях (по умолчанию = показывать)
-nodssp
не показывать в выравнивании вторую структуру DSSP (по умолчанию = показать)
-ssconf
показать достоверность предсказанной второй структуры в выравниваниях
-алив Int
количество столбцов в строке в списке выравнивания (по умолчанию 80)
-P
для самосравнения: максимальное p-значение выравниваний (по умолчанию = 0.001
-p
минимальная вероятность в сводном и согласованном списке (def = 0)
-E
максимальное значение E в сводном и согласованном списке (по умолчанию = 1E + 06)
-Z
максимальное количество строк в итоговом списке совпадений (по умолчанию = 100)
-z
минимальное количество строк в итоговом хит-листе (по умолчанию = 1)
-B
максимальное количество выравниваний в списке выравниваний (по умолчанию = 100)
-b
минимальное количество выравниваний в списке выравнивания (по умолчанию = 1)
-ранг Int
укажите ранг выравнивания, чтобы писать с -Oa3м or -Аа3м опция (по умолчанию = 1)
ФИЛЬТР вход выравнивание (параметры be в сочетании):
-Я бы [0,100] максимальная идентичность парных последовательностей (%) (по умолчанию = 90)
-различие [0, inf [фильтровать самый разнообразный набор последовательностей, сохраняя хотя бы этот
много последовательностей в каждом блоке из> 50 столбцов (по умолчанию = 100)
-ков [0,100] минимальное покрытие с запросом (%) (по умолчанию = 0)
-кид [0,100] минимальная идентичность последовательности с запросом (%) (по умолчанию = 0)
-qsc [0,100] минимальный балл за столбец с запросом (по умолчанию = -20.0)
вход выравнивание Формат:
-M a2m использовать A2M / A3M (по умолчанию): верхний регистр = соответствие; нижний регистр = Вставить; '-' = Удалить; '.' знак равно
зазоры выровнены со вставками (могут быть опущены)
-M первый
используйте FASTA: столбцы с остатком в 1-й последовательности являются состояниями совпадения
-M [0,100]
используйте FASTA: столбцы с менее чем X% пробелов являются состояниями совпадения
ХММ-ХММ выравнивание опции:
-шар/ -loc
глобальный или локальный режим выравнивания (def = local)
-ниже
показать до этого количества альтернативных выравниваний (def = 1)
-реализовать
перенастроить отображаемые обращения с макс. алгоритм точности (MAC)
-norealign
НЕ перенастраивайте отображаемые совпадения с помощью алгоритма MAC (def = realign)
-макт [0,1 [
порог апостериорной вероятности для выравнивания MAC (по умолчанию = 0.350) Пороговое значение
0.0 дает глобальное выравнивание.
-к
использовать глобальный алгоритм стохастической выборки для выборки такого количества выравниваний
-искл. исключить позиции запроса из выравнивания, например, "1-33,97-168"
-сдвиг [-1,1] смещение очков (по умолчанию = -0.030)
-корректировать [0,1]
вес члена для парных корреляций (def = 0.10)
-ссм 0–4 0: без подсчета баллов [по умолчанию = 2]
1: оценка ss после выравнивания 2: оценка ss во время выравнивания
-ССВ [0,1] вес балла ss (по умолчанию = 0.11)
-def прочтите параметры по умолчанию из ./.hhdefaults или /.hh по умолчанию.
Пример: hhalign -i T0187.a3m -t d1hz4a_.ххм -png T0187pdb.png
Результат опции:
-o
записать выравнивание вывода в файл
-фас
записать выравнивания в FASTA, A2M (-oa2м) или A3M (-oa3м) формат
-Oa3м
записать выравнивание запроса в формате a3m в файл (по умолчанию = нет)
-Аа3м
добавить в файл выравнивание запроса в формате a3m (по умолчанию = нет)
-таб
записать выравнивание в виде таблицы (с апостериориями) в файл (по умолчанию = нет)
-v
подробный режим: 0: без вывода на экран 1: только предупреждения 2: подробный
-seq [1, инф [макс. количество отображаемых последовательностей запросов / шаблонов (по умолчанию = 1)
-ноконы
не показывать согласованную последовательность при выравнивании (по умолчанию = показывать)
-нопред
не показывать прогнозируемую 2-ю структуру в выравниваниях (по умолчанию = показывать)
-nodssp
не показывать в выравнивании вторую структуру DSSP (по умолчанию = показать)
-ssconf
показать достоверность предсказанной второй структуры в выравниваниях
-алив Int
количество столбцов в строке в списке выравнивания (по умолчанию 80)
-P
для самосравнения: максимальное p-значение выравниваний (по умолчанию = 0.001
-p
минимальная вероятность в сводном и согласованном списке (def = 0)
-E
максимальное значение E в сводном и согласованном списке (по умолчанию = 1E + 06)
-Z
максимальное количество строк в итоговом списке совпадений (по умолчанию = 100)
-z
минимальное количество строк в итоговом хит-листе (по умолчанию = 1)
-B
максимальное количество выравниваний в списке выравниваний (по умолчанию = 100)
-b
минимальное количество выравниваний в списке выравнивания (по умолчанию = 1)
-ранг Int
укажите ранг выравнивания, чтобы писать с -Oa3м or -Аа3м опция (по умолчанию = 1)
-тс
напишите файл библиотеки TCoffee для попарного сравнения
-TCT [0,100]
мин. вероятность остаточных пар для TCoffee (по умолчанию = 5%)
Возможности в фильтр вход выравнивание (параметры be в сочетании):
-Я бы [0,100] максимальная идентичность парных последовательностей (%) (по умолчанию = 90)
-различие [0, inf [
фильтровать самый разнообразный набор последовательностей, сохраняя по крайней мере это количество последовательностей в каждой
блок из> 50 столбцов (по умолчанию = 100)
-ков [0,100] минимальное покрытие с запросом (%) (по умолчанию = 0)
-кид [0,100] минимальная идентичность последовательности с запросом (%) (по умолчанию = 0)
-qsc [0,100] минимальный балл за столбец с запросом (по умолчанию = -20.0)
HMM-здание опции:
-M a2m использовать A2M / A3M (по умолчанию): верхний регистр = соответствие; нижний регистр = Вставить; '-' = Удалить; '.' знак равно
зазоры выровнены со вставками (могут быть опущены)
-M первый
используйте FASTA: столбцы с остатком в 1-й последовательности являются состояниями совпадения
-M [0,100]
используйте FASTA: столбцы с менее чем X% пробелов являются состояниями совпадения
-tags НЕ нейтрализует His-, C-myc-, FLAG-теги и последовательность распознавания трипсина, чтобы
фоновое распределение
Псевдосчет (ПК) опции:
-пкм 0-2 позиционная зависимость ПК примеси 'tau' (режим ПК, по умолчанию = 2)
0: нет псевдосчетов:
тау = 0
1: постоянный
тау = а
2: зависит от разнообразия: tau = a / (1 + ((Neff [i] -1) / b) ^ c) (Neff [i]: количество
эффективные последовательности в локальном MSA вокруг столбца i) 3: псевдосчетчики постоянного разнообразия
-пка [0,1] общая примесь псевдосчета (по умолчанию = 1.0)
-печатная плата [1, inf [пороговое значение Neff для -пкм 2 (по умолчанию = 1.5)
-пкк [0,3] показатель ослабления c для -пкм 2 (по умолчанию = 1.0)
-pre_pca [0,1]
Примесь псевдосчета PREFILTER (def = 0.8)
-pre_pcb [1, inf [порог PREFILTER для Neff (по умолчанию = 1.8)
Зависит от контекста псевдосчет:
-неконтекст
использовать матрицу подстановки вместо псевдосчетов, зависящих от контекста
-контекст контекстный файл для вычисления контекстно-зависимых псевдосчетов
(по умолчанию =. / data / context_data.lib)
-cslib
файл состояния столбца для быстрой предварительной фильтрации базы данных (по умолчанию =. / data / cs219.lib)
разрыв стоят опции:
-гапб [0, inf [
Примесь переходного псевдосчета (def = 1.00)
-пробел [0, inf [
Примесь переходного псевдосчета для открытого разрыва (по умолчанию = 0.15)
-зиять [0,1.5]
Примесь переходного псевдосчета для расширенного зазора (def = 1.00)
-гапф ] 0, инф]
коэффициент увеличения / уменьшения штрафа за открытие пробела для удалений (по умолчанию = 0.60)
-гапг ] 0, инф]
коэффициент увеличения / уменьшения штрафа за открытие зазора для пластин (по умолчанию = 0.60)
-гаф ] 0, инф]
коэффициент увеличения / уменьшения штрафа за удаление пробелов (по умолчанию = 0.60)
-гапи ] 0, инф]
коэффициент увеличения / уменьшения штрафа за удлинение зазора для пластин (по умолчанию = 0.60)
-egq [0, inf [штраф (биты) за концевые зазоры, выровненные по остаткам запроса (по умолчанию = 0.00)
-например [0, inf [штраф (биты) за концевые зазоры, выровненные по остаткам шаблона (по умолчанию = 0.00)
центровка опции:
-шар/ -loc
глобальный или локальный режим выравнивания (def = global)
-мак используйте выравнивание максимальной точности (MAC) вместо выравнивания Витерби
-макт [0,1]
порог апостериорной вероятности для выравнивания MAC (по умолчанию = 0.350)
-к
использовать глобальный алгоритм стохастической выборки для выборки такого количества выравниваний
-SC оценка аминокислот (tja: шаблон HMM в столбце j) (def = 1)
0 = log2 Sum (tja * qia / pa) (pa: aa фоновые частоты)
1 = log2 Сумма (tja * qia / pqa) (pqa = 1/2 * (pa + ta))
2 = log2 Sum (tja * qia / ta) (ta: средние частоты aa в шаблоне)
3 = log2 Sum (tja * qia / qa) (qa: средн. Частота aa в запросе)
-корректировать [0,1]
вес члена для парных корреляций (def = 0.10)
-сдвиг [-1,1 XNUMX]
смещение очков (по умолчанию = -0.030)
-r повторная идентификация: несколько совпадений не рассматриваются как независимые
-ссм 0–2 0: без подсчета баллов [по умолчанию = 2]
1: оценка ss после выравнивания 2: оценка ss во время выравнивания
-ССВ [0,1] вес балла ss по сравнению с баллом столбца (по умолчанию = 0.11)
-сса [0,1] ss confusion matrix = (1-ssa) * I + ssa * psipred-confusion-matrix [def = 1.00).
-спокойствие 0-3
калибровка эмпирической оценки 0: запрос 1: шаблон 2: оба (по умолчанию = выкл)
Параметры по умолчанию могут быть указаны в './.hhdefaults' или '~ / .hhdefaults'
Используйте hhalign онлайн с помощью сервисов onworks.net
