hhblits - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

hhblits - быстрый метод определения гомологии для итеративного поиска в базе данных HMM

СИНТАКСИС

ххблиц -i запрос [кредита]

ОПИСАНИЕ

HHblits версии 2.0.16 (январь 2013 г.): молниеносная итерационная последовательность на основе HMM-HMM
search HHblits - это чувствительный универсальный инструмент поиска с итеративной последовательностью, который
представляет последовательности запросов и базы данных с помощью HMM. Вы можете искать в базах данных HHblits
начиная с одиночной запрашиваемой последовательности, множественного выравнивания последовательностей (MSA) или HMM.
HHblits распечатывает ранжированный список HMM / MSA базы данных, а также может генерировать MSA с помощью
объединение значимых HMM / MSA базы данных с запросом MSA.

Реммерт М., Бигерт А., Хаузер А. и Содинг Дж. Х. Х. Блиц: молниеносная итерация
поиск белковой последовательности путем выравнивания HMM-HMM. Nat. Методы 9: 173-175 (2011) (C)
Йоханнес Сёдинг, Михаэль Реммерт, Андреас Бигерт, Андреас Хаузер

-i
ввод / запрос: одиночная последовательность или множественное выравнивание последовательностей (MSA) в a3m, a2m или
Формат FASTA или HMM в формате hhm

может быть "stdin" или "stdout" повсюду.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

-d
имя базы данных (например, uniprot20_29Feb2012) (по умолчанию =)

-n [1,8] количество итераций (по умолчанию = 2)

-e [0,1] Отсечка E-значения для включения в выравнивание результатов (по умолчанию = 0.001)

вход выравнивание Формат:
-M a2m использовать A2M / A3M (по умолчанию): верхний регистр = соответствие; нижний регистр = Вставить;

'-' = Удалить; '.' = пробелы, выровненные по вставкам (могут быть опущены)

-M первый
используйте FASTA: столбцы с остатком в 1-й последовательности являются состояниями совпадения

-M [0,100]
используйте FASTA: столбцы с менее чем X% пробелов являются состояниями совпадения

Результат опции:
-o
записывать результаты в стандартном формате в файл (по умолчанию = )

-oa3м
записать результат MSA со значимыми совпадениями в формате a3m

-опси
записать результат MSA значимых совпадений в формате PSI-BLAST

-охм
написать файл HHM для результата MSA значимых совпадений

-оалис
записывать MSA в формате A3M после каждой итерации

-Офас
записывать попарные выравнивания значимых совпадений в формате FASTA Аналогично для
вывод в формате a3m и a2m (например, -Oa3м)

-кхм
запись ввода запроса в файл HHM последней итерации (по умолчанию = выключено)

-seq
Максимум. количество отображаемых последовательностей запросов / шаблонов (по умолчанию = 1)

-алив
количество столбцов в строке в списке выравнивания (по умолчанию = 80)

-p [0,100]
минимальная вероятность в сводном и согласованном списке (по умолчанию = 20)

-E [0, inf [
максимальное значение E в сводном списке и списке выравнивания (по умолчанию = 1E + 06)

-Z
максимальное количество строк в сводном списке совпадений (по умолчанию = 500)

-z
минимальное количество строк в итоговом хит-листе (по умолчанию = 10)

-B
максимальное количество выравниваний в списке выравниваний (по умолчанию = 500)

-b
минимальное количество выравниваний в списке выравниваний (по умолчанию = 10)

Опции предфильтра

-без предварительной фильтрации
отключить все шаги фильтра

-нет фильтра
отключить все шаги фильтрации (кроме быстрой предварительной фильтрации)

-nodbфильтр
отключить дополнительную фильтрацию предварительно отфильтрованных HMM

-нет блочного фильтра искать полную матрицу в Витерби

-maxfilt
максимальное количество попаданий, разрешенных для прохождения 2-го предварительного фильтра (по умолчанию = 20000)

Параметры фильтрации, применяемые к запросу MSA, MSA базы данных и MSA результатов

-все показать все последовательности в результате MSA; не фильтровать результат MSA

-Я бы [0,100] максимальная идентичность парной последовательности (по умолчанию = 90)

-различие [0, inf [
фильтровать MSA, выбирая самый разнообразный набор последовательностей, сохраняя, по крайней мере, это количество
seqs в каждом блоке MSA длиной 50 (по умолчанию = 1000)

-ков [0,100] минимальное покрытие основной последовательностью (%) (по умолчанию = 0)

-кид [0,100] минимальная идентичность последовательности с основной последовательностью (%) (по умолчанию = 0)

-qsc [0,100] минимальный балл за столбец с основной последовательностью (по умолчанию = -20.0)

-нефф [1, инф]
целевое разнообразие множественного выравнивания последовательностей (по умолчанию = выключено)

ХММ-ХММ выравнивание опции:
-norealign
НЕ перенастраивайте отображаемые совпадения с помощью алгоритма MAC (def = realign)

-макт [0,1 [
порог апостериорной вероятности для повторного выравнивания MAC (по умолчанию = 0.350) Элементы управления параметрами
жадность выравнивания: 0: глобальная> 0.1: локальная

-шар/ -loc
использовать режим глобального / локального выравнивания для поиска / ранжирования (def = local)

-realign_max
перенастроить макс. хиты (по умолчанию = 1000)

-ниже
показать это множество значимых альтернативных выравниваний (def = 2)

-премердж слить совпадения для запроса MSA перед выравниванием оставшихся совпадений (def = 3)

-сдвиг [-1,1 XNUMX]
смещение профиля профиля (по умолчанию = -0.03)

-ссм {0, .., 4}
0: нет оценки ss 1,2: ss оценки после или во время выравнивания [по умолчанию = 2] 3,4: ss
подсчет очков после или во время выравнивания, прогнозируемый или прогнозируемый

-ССВ [0,1]
вес балла ss (по умолчанию = 0.11)

разрыв стоят опции:
-гапб [0, inf [
Примесь переходного псевдосчета (def = 1.00)

-пробел [0, inf [
Примесь переходного псевдосчета для открытого разрыва (по умолчанию = 0.15)

-зиять [0,1.5]
Примесь переходного псевдосчета для расширенного зазора (def = 1.00)

-гапф ] 0, инф]
коэффициент увеличения / уменьшения штрафа за открытие пробела для удалений (по умолчанию = 0.60)

-гапг ] 0, инф]
коэффициент увеличения / уменьшения штрафа за открытие зазора для пластин (по умолчанию = 0.60)

-гаф ] 0, инф]
коэффициент увеличения / уменьшения штрафа за удаление пробелов (по умолчанию = 0.60)

-гапи ] 0, инф]
коэффициент увеличения / уменьшения штрафа за удлинение зазора для пластин (по умолчанию = 0.60)

-egq [0, inf [штраф (биты) за концевые зазоры, выровненные по остаткам запроса (по умолчанию = 0.00)

-например [0, inf [штраф (биты) за концевые зазоры, выровненные по остаткам шаблона (по умолчанию = 0.00)

Псевдосчет (ПК) опции:
-пкм {0, .., 2}
позиционная зависимость pc примеси 'tau' (режим pc, по умолчанию = 2) 0: нет псевдосчетов:
tau = 0 1: константа tau = a 2: зависит от разнообразия: tau = a / (1 +
((Neff [i] -1) / b) ^ c) (Neff [i]: количество эффективных последовательностей в локальном MSA вокруг столбца i)

-пка [0,1] общая примесь псевдосчета (по умолчанию = 1.0)

-печатная плата [1, inf [пороговое значение Neff для -пкм 2 (по умолчанию = 1.5)

-пкк [0,3] показатель ослабления c для -пкм 2 (по умолчанию = 1.0)

-pre_pca [0,1]
Примесь псевдосчета PREFILTER (def = 0.8)

-pre_pcb [1, inf [порог PREFILTER для Neff (по умолчанию = 1.8)

Зависит от контекста псевдосчет:
-неконтекст
использовать матрицу подстановки вместо псевдосчетов, зависящих от контекста

-контекст контекстный файл для вычисления контекстно-зависимых псевдосчетов
(по умолчанию =. / data / context_data.lib)

-cslib
файл состояния столбца для быстрой предварительной фильтрации базы данных (по умолчанию =. / data / cs219.lib)

Предсказать вторичную структуру

-добавить добавить вторую структуру, предсказанную с помощью PSIPRED, чтобы получить MSA

-псипред каталог с исполняемыми файлами PSIPRED (по умолчанию =)

-psipred_data
каталог с данными PSIPRED (по умолчанию =)

Другой опции:
-v
подробный режим: 0: без вывода на экран 1: только предупреждения 2: подробный (def = 2)

-неффмакс ] 1,20] пропустить дальнейшие итерации поиска, когда разнесение Neff запроса MSA

становится больше neffmax (по умолчанию = 10.0)

-ЦПУ
количество используемых ЦП (для SMP с общей памятью) (по умолчанию = 2)

-Оценки записать оценки для всех парных сравнений в файл

-таб записать все выравнивания в табличной форме в файл

-максрес
максимальное количество столбцов HMM (по умолчанию = 15002)

-максмем [1, inf [максимальный объем доступной памяти в ГБ (по умолчанию = 3.0)

ПРИМЕРЫ

hhblits -i query.fas -o query.hhr -d ./uniprot20

hhblits -i query.fas -o query.hhr -oa3m query.a3m -n 1 -d ./uniprot20

Скачать базы данных изftp://toolkit.genzentrum.lmu.de/pub/HH-suite/databases/>.

Используйте hhblits онлайн с помощью сервисов onworks.net