Это команда kmc_tools-correct, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
kmc_tools-correct - вычислить пересечение двух баз данных KMC
СИНТАКСИС
kmc_tools пересекаться <output
[output_params]>
ОПИСАНИЕ
Выходная база данных будет содержать только k-мер, которые присутствуют в обоих входных наборах. В
значение счетчика в выходной базе данных равно нижнему значению счетчика на входе.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Для каждого входа есть дополнительные параметры:
-ci
исключить k-меры, встречающиеся меньше, чем раз
-cx
исключить k-мерки, встречающиеся более чем раз
Для вывода есть дополнительные параметры:
-ci
исключить k-меры, встречающиеся меньше, чем раз
-cx
исключить k-мерки, встречающиеся более чем раз
-cs
максимальное значение счетчика
ПРИМЕР
kmc -k28 файл1.fastq kmers1 tmp
kmc -k28 файл2.fastq kmers2 tmp
kmc_tools пересекает kmers1 -ci10 -cx200 kmers2 -ci4 -cx100 kmers1_kmers2_intersect -ci20 -cx150
Используйте kmc_tools-crossct онлайн с помощью сервисов onworks.net
