Это команда norsnet, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
norsnet - определяет неструктурированные циклы из последовательности
СИНТАКСИС
Норснет
ОПИСАНИЕ
NORSnet - это метод на основе нейронной сети, который фокусируется на идентификации
неструктурированные петли.
NORSnet был обучен отличать очень длинные смежные сегменты от нерегулярных
вторичная структура (области NORS) и хорошо уложенные белки. NORSnet прошел обучение на
предсказываемая информация, а не экспериментальные данные. Поэтому он был оптимизирован на
большие данные, которые не искажаются современными экспериментальными средствами фиксации беспорядка. Таким образом,
NORSnet проник в регионы в пространстве последовательностей, которые не охвачены специализированными
предикторы расстройства. Одним из недостатков этого подхода является то, что он не оптимален для
выявление «средней» неупорядоченной области.
Конверсия of ПСИ-ВЗРЫВ выравнивание в HSSP формат
Самую последнюю процедуру можно найти на сайте
.
1. Преобразуйте выходные данные BLAST в формат единого выравнивания (SAF):
/usr/share/librg-utils-perl/blast2saf.pl fasta = maxAli = 3000 eSaf = 1 \
saf =
2. Преобразуйте формат SAF в HSSP:
/usr/share/librg-utils-perl/copf.pl formatIn = saf formatOut = hssp \
fileOut = exeConvertSeq = convert_seq
3. Отфильтруйте результаты до 80% избыточности:
/usr/share/librg-utils-perl/hssp_filter.pl красный = 80 fileOut =
Результат формат
Результат Режим 1
Табличный вывод, столбцы:
pos аминокислотный номер (1 ..)
res остаток 1-буквенный код
node1 вывод узла нейронной сети 1
node2 вывод узла нейронной сети 2
пред-узел1 / (узел1 + узел2)
n40 пред <0.40? '-': 'N'
n40 заполнить не менее 31 длинных отрезков AA из N в n40
n59 пред <0.59? '-': 'N'
n59 заполнить не менее 31 длинных отрезков AA из N в n59
«N» - нерегулярная вторичная структура.
Ссылки
Шлессинджер А., Лю Дж. И Рост Б. (2007). Исходно неструктурированные петли отличаются от
другие петли. PLoS Comput Biol, 3(7), e140.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
ФАСТА_ФАЙЛ
Файл, содержащий аминокислотную последовательность белка в формате fasta.
РДБПРОФ_ФАЙЛ
Прогноз вторичной структуры и доступности растворителей по PROF в формате rdb.
HSSP_ФАЙЛ
Файл профиля выравнивания PSI-BLAST, преобразованный в формат HSSP.
ВЫХОДНОЙ ФАЙЛ
Имя окончательного выходного файла NORSnet.
PROFBVAL_FILE
Гибкий / жесткий прогноз остатков по Profbval(1) в формате rdb (режим 5).
ВЫХОД_MODE
NORSnet может создавать выходные файлы в разных форматах для разных целей. Действительный
режимами являются «1», «2» или «3». Режим по умолчанию: 1.
- Режим по умолчанию. Используйте это, если вы не хотите давать здесь значение, но хотите
указывать отлаживать.
1 для метадисправность(1)
ОТЛАЖИВАТЬ
Установите 1 для сообщений отладки
ВЫВОД
количество -
номер остатка
остаток -
тип остатка
сырой -
исходное значение разницы между двумя выходными узлами
ПРИМЕРЫ
norsnet /usr/share/doc/norsnet/examples/cad23.f /usr/share/doc/norsnet/examples/cad23-fil.rdbProf /usr/share/doc/norsnet/examples/cad23-fil.hssp cad23.norsnet cad23 /usr/share/doc/norsnet/examples/cad23.profbval
ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА
NORSNET_ROOT
Переопределяет / usr / share / norsnet, путь к вспомогательным скриптам и файлам данных.
Используйте norsnet онлайн с помощью сервисов onworks.net
