Это команда norsp, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
norsp - предиктор NOn-регулярной вторичной структуры (NORS)
СИНТАКСИС
norsp [ОПЦИИ] -fileSeq -fileHssp -filePhd -filePhdHtm
-fileКойлы
ОПИСАНИЕ
Многие структурно гибкие регионы играют важную роль в биологических процессах. Она имеет
Было показано, что протяженные петлевые области очень распространены в природе и что они
эволюционно сохраненный. NORSp - общедоступный предсказатель для регионов с нарушениями
в белке. В частности, он предсказывает длинные области без регулярной вторичной структуры.
После того, как пользователь предоставит последовательность белка, NORSp проанализирует белок на предмет его
вторичная структура и наличие трансмембранных спиралей и coiled-coil. Тогда это будет
отправить пользователю электронное письмо о наличии и положении неупорядоченных участков.
NORSp может быть полезен биологам по-разному. Например, кристаллографы могут
проверить, содержат ли их белки участки NORS, и принять решение о том, следует ли
продолжайте эксперименты, поскольку белки NORS могут быть трудно кристаллизовать, так как
демонстрируется их низкой встречаемостью в PDB. Биологи интересуются белком
связь структура-функция может также оказаться интересной для проверки того,
Сайты белок-белкового взаимодействия совпадают с участком NORS.
См. Официальный веб-сайт для получения помощи
.
Результат формат
Самостоятельное аннотирование, см. Примеры выходных данных в / usr / share / doc / norsp / examples.
Ссылки
Лю Дж. И Рост Б. (2003). NORSp: Прогнозы длинных регионов без регулярных вторичных
состав. Нуклеиновые кислоты Res, 31(13), 3833-5.
Лю Дж., Х. Тан и Б. Рост. Петлевые белки кажутся консервативными в процессе эволюции. Дж Мол Биол,
322(1): 53-64, 2002.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-fileSeq =ФАЙЛОВ
файл входной последовательности
-fileHssp =ФАЙЛОВ
входной файл HSSP
-filePhd =ФАЙЛОВ
входной файл вторичной структуры
-filePhdHtm =ФАЙЛОВ
входной файл трансмембранных спиралей
-fileCoils =ФАЙЛОВ
Входной файл спиральных катушек. Обратите внимание, что 'ФАЙЛОВ_raw 'тоже читается. Создайте их с помощью
катушки(1).
-fileSum =ФАЙЛОВ
файл сводки прогнозирования вывода
-o =ФАЙЛОВ
выходной файл прогноза
--win =НОМЕР
размер окна
--secCut =НОМЕР
максимальное содержание структуры
--accLen =НОМЕР
минимальное количество последовательных открытых остатков
-html
вывод в формате HTML
-v, --версия
версия норсп
-отлаживать
отладочные сообщения
-?, --помощь
экран помощи
Используйте norsp в Интернете с помощью сервисов onworks.net
