Это команда obgen, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
Obgen - генерировать 3D-координаты для молекулы
СИНТАКСИС
Obgen [ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ] имя файла
ОПИСАНИЕ
Инструмент obgen сгенерирует трехмерные координаты для молекул в файле (например, многомолекулярный
SMILES файлы). Полученная структура будет оптимизирована с использованием заданного силового поля и
проверен на наличие конформера с наименьшей энергией с помощью поиска Монте-Карло. Результат будет отправлен на
стандартный вывод в формате файла SDF.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Если имя файла не указано, obgen предоставит все параметры, включая доступные силовые поля.
-FF. силовое поле
Выберите силовое поле
ПРИМЕРЫ
Просмотрите возможные варианты, включая доступные силовые поля:
Obgen
Сгенерируйте трехмерные координаты молекулы (ей) в файле test.smi:
Обген test.smi
Сгенерируйте трехмерные координаты молекулы (ей) в файле test.smi, используя силовое поле UFF:
obgen -ff UFF test.smi
Используйте obgen онлайн с помощью сервисов onworks.net
