Это команда obgrep, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
обгреп - программа расширенного молекулярного поиска с использованием SMARTS
СИНТАКСИС
обгреп [ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ] 'СМАРТС-выкройка' имя файла
ОПИСАНИЕ
Инструмент obgrep можно использовать для поиска молекул в файлах многомолекулярных баз данных.
(например, SMILES, SDF и т. д.) или в нескольких файлах.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Если указано только имя файла, obgrep попытается угадать тип файла по имени файла.
расширение.
-c Выведите количество совпадений
-f Полное совпадение, печатайте соответствующие молекулы только тогда, когда количество тяжелых атомов также равно
к количеству атомов в шаблоне SMARTS
-i формат
Задает формат ввода и вывода, см. галдеж(1) для доступных форматов
-n Печатайте только названия молекул
-t # Печатайте молекулу только в том случае, если узор встречается # раз внутри молекулы.
-v Инвертировать совпадающие, печатать несовпадающие молекулы
ПРИМЕРЫ
Обратите внимание, что во всех примерах шаблон SMARTS заключен в одинарные кавычки '...', чтобы гарантировать
оболочка не меняет его.
Выведите все молекулы с метиламиновой группой:
obgrep 'CN' database.smi
Выведите все молекулы без метиламиновой группы:
obgrep -v 'CN' database.smi
Выведите количество молекул без метиламиновой группы:
obgrep -v -c 'CN' database.smi
Выведите метиламин (если он есть в файле):
obgrep -f 'CN' database.smi
Выведите метиламин и / или метанол (если они есть):
obgrep -f 'C [N, O]' database.smi
Распечатать все молекулы с ароматическим углеродом во всех файлах SMILES в каталоге (например, * .smi)
obgrep 'c' * .smi
Используйте obgrep онлайн с помощью сервисов onworks.net
