АнглийскийФранцузскийИспанский

Значок OnWorks

pynast - Интернет в облаке

Запустите pynast в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks через Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS

Это командная строка, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.

ПРОГРАММА:

ИМЯ


PyNAST - выравнивание коротких последовательностей ДНК

СИНТАКСИС


пинаст [кредита] {-я input_fp -t template_fp}

ОПИСАНИЕ


[] указывает на необязательный ввод (порядок не важен) {} указывает на обязательный ввод (порядок
неважно)

Пример Применение:
пинаст -i my_input.fasta -t my_template.fasta

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ


--версия
показать номер версии программы и выйти

-h, --Помогите
показать это справочное сообщение и выйти

-t TEMPLATE_FP, --template_fp=TEMPLATE_FP
путь к файлу выравнивания шаблона [ОБЯЗАТЕЛЬНО]

-i ВХОД_ФП, --input_fp=INPUT_FP
путь к входному файлу fasta [ОБЯЗАТЕЛЬНО]

-v, --подробный
Состояние печати и другая информация во время выполнения [по умолчанию: False]

-p МИН_PCT_ID, --min_pct_id=MIN_PCT_ID
минимальный процент идентичности последовательностей, чтобы считать последовательность совпадающей [по умолчанию: 75.0]

-l МИН_ЛЕН, --min_len=MIN_LEN
минимальная длина последовательности для включения в выравнивание NAST [по умолчанию: 1000]

-m PAIRWISE_ALIGNMENT_METHOD, --pairwise_alignment_method=PAIRWISE_ALIGNMENT_METHOD
метод попарного выравнивания [по умолчанию: uclust]

-a ФАСТА_OUT_FP, --fasta_out_fp=FASTA_OUT_FP
путь для сохранения результирующего файла выравнивания [по умолчанию: получено из входного пути к файлу]

-g ЛОГ_ФП, --log_fp=LOG_FP
путь для сохранения файла журнала [по умолчанию: получено из входного пути к файлу]

-f FAILURE_FP, --failure_fp=FAILURE_FP
путь к файлу последовательностей, которые не могут быть выровнены [по умолчанию: получено из ввода
Путь файла]

-e MAX_E_VALUE, --max_e_value=MAX_E_VALUE
Устарело. Будет удалено в PyNAST 1.2.

-d BLAST_DB, --blast_db=BLAST_DB
Устарело. Будет удалено в PyNAST 1.2.

Используйте pynast в Интернете с помощью сервисов onworks.net


Бесплатные серверы и рабочие станции

Скачать приложения для Windows и Linux

  • 1
    Авогадро
    Авогадро
    Авогадро — передовая молекулярная
    редактор, предназначенный для кросс-платформенного использования
    в вычислительной химии, молекулярная
    моделирование, биоинформатика, материалы
    наука и...
    Скачать Авогадро
  • 2
    XMLTV
    XMLTV
    XMLTV - это набор программ для обработки
    TV (tvguide) списки и помощь в управлении
    просмотр телевизора, сохранение объявлений в
    Формат на основе XML. Есть утилиты для
    делать...
    Скачать XMLTV
  • 3
    забастовщик
    забастовщик
    Проект свободного программного обеспечения Strikr. Артефакты
    выпущен по "намерениям"
    двойная лицензия: AGPLv3 (сообщество) и
    CC-BY-NC-ND 4.0 международный
    (коммерческий) ...
    Скачать забастовку
  • 5
    ГИФЛИБ
    ГИФЛИБ
    giflib — это библиотека для чтения и
    написание гифок. Это API и ABI
    совместим с libungif, который был в
    широкое использование при сжатии LZW
    алгоритм был...
    Скачать ГИФЛИБ
  • 6
    Alt-F
    Alt-F
    Alt-F предоставляет бесплатный и открытый исходный код
    альтернативная прошивка для DLINK
    DNS-320/320L/321/323/325/327L and
    ДНР-322Л. Alt-F имеет Samba и NFS;
    поддерживает ext2 / 3/4 ...
    Скачать Alt-F
  • Больше »

Команды Linux

Ad