Это команда TransDecoder.Predict, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
Транскодер - прогнозирование белка транскриптома
ИСПОЛЬЗОВАНИЕ
Требования:
-t transcripts.fasta
Общие варианты:
--retain_long_orfs сохранять все обнаруженные ORF, которые равны или длиннее, чем указанное количество нуклеотидов, даже если нет других доказательств
помечает это как кодировку (по умолчанию: 900 bp => 300aa)
--retain_pfam_hits /path/to/pfam_db.hmm для поиска
с помощью hmmscan (который должен быть доступен через настройку PATH)
--retain_blastp_hits
Дополнительные параметры
--тренироваться Файл FASTA с ORF для обучения Markov Mod идентификации белков; иначе
использовались самые длинные неизбыточные ORF
-T Если нет --train, топ самых длинных ORF для обучения модели Маркова (статистика гексамера) (по умолчанию: 500)
2015-12-28 ТРАНСДЕКОДЕР.ПРЕДИКТ(1)
Используйте TransDecoder.Predict онлайн с помощью сервисов onworks.net
