altreep - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

altree - การทดสอบการเชื่อมโยงและการแปลเป็นภาษาท้องถิ่นโดยใช้ต้นไม้สายวิวัฒนาการ

เรื่องย่อ

อัลทรี [ตัวเลือก]

ตัวเลือก:
--รุ่นโปรแกรมรุ่น
--short-help|h ข้อความช่วยเหลือสั้นๆ
--help ข้อความช่วยเหลือพร้อมคำอธิบายตัวเลือก
--man เอกสารฉบับเต็ม
--association|a ดำเนินการทดสอบความสัมพันธ์
--s-localisation|l ดำเนินการแปลโดยใช้อักขระ S
--first-input-file|i result_file จากโปรแกรมสร้างสายวิวัฒนาการ
--second-input-file|j ไฟล์ที่มี nb ของ case/controls ที่มี haplotype
--เอาท์พุทไฟล์|o output_file
--ชนิดข้อมูล|t DNA|SNP
--data-qual|q เชิงคุณภาพ|เชิงปริมาณ
--นอกกลุ่ม outgroup_name
--remove-นอกกลุ่ม
--โปรแกรมสร้างต้นไม้|p phylip|paup|paml
--splitmode | s nosplit | chi2split
--ไม่ยืด
--chi2-threshold|n ค่า
--พีชคณิต|r number
--จำนวนต้นไม้ที่จะวิเคราะห์จำนวน
--tree-to-วิเคราะห์จำนวน
--s-หมายเลขไซต์
--s-site-characters สถานะบรรพบุรุษ -> รัฐที่ได้รับ
--co-evo|e ง่าย|double
--พิมพ์-ต้นไม้
--anc-seq ลำดับบรรพบุรุษ (เฉพาะกับ phylip)
--nb-files จำนวนไฟล์อินพุตที่จะวิเคราะห์ (สำหรับการทดสอบการเชื่อมโยงเท่านั้น)

OPTIONS

--รุ่น
พิมพ์เวอร์ชันของโปรแกรมและออก

--สั้นช่วย
พิมพ์ข้อความช่วยเหลือสั้นๆ และออก

--ช่วยด้วย พิมพ์ข้อความช่วยเหลือพร้อมคำอธิบายตัวเลือกและการออก

--ชาย พิมพ์หน้าคู่มือและออก

--สมาคม|a
ดำเนินการทดสอบความสัมพันธ์

--s-localization|l
แปลโลคัสความไวแสงโดยใช้ "วิธีอักขระ S"

--ไฟล์อินพุตแรก|i ผลลัพธ์_ไฟล์
ไฟล์อินพุต 1 (ไฟล์ผลลัพธ์ paup, phylip หรือ paml) หากไฟล์อินพุตหลายไฟล์เป็น
เมื่อวิเคราะห์แล้ว ชื่อต้องคั่นด้วยเครื่องหมายทวิภาค ตัวอย่าง: input1:input2 etc

--วินาทีอินพุตไฟล์|ญ สอดคล้อง_file
ไฟล์อินพุต 2 ค่าเริ่มต้น สอดคล้อง.txt. จำนวนไฟล์อินพุต 2 ต้องเท่ากัน
ตามจำนวนไฟล์อินพุต 1 ชื่อของไฟล์อินพุตอื่น 2 ต้องเป็น
คั่นด้วยเครื่องหมายทวิภาค

--เอาท์พุทไฟล์|o ออกจากไฟล์
ไฟล์เอาต์พุต

--ประเภทข้อมูล|t "DNA"|"SNP"
ประเภทข้อมูล: DNA (ATGCU) หรือ SNP (0-1)

--data-qual|คิว "เชิงคุณภาพ"|"เชิงปริมาณ"
วิเคราะห์ข้อมูลเชิงคุณภาพ (กรณี/การควบคุม) หรือข้อมูลเชิงปริมาณ

--นอกกลุ่ม นอกกลุ่ม
รูตต้นไม้ด้วยกลุ่มนอกนี้

--remove-นอกกลุ่ม
ลบกลุ่มนอกของต้นไม้ก่อนทำการทดสอบ

--โปรแกรมสร้างต้นไม้|หน้า "phylip"|"paup"|"paml"
โปรแกรมฟื้นฟูสายวิวัฒนาการ

--splitmode|s "nosplit"|"chi2split"
วิธีการทดสอบจากระดับหนึ่งไปอีกระดับหนึ่ง

--ไม่ยืด
ไม่มีการยืดกิ่งของต้นไม้

--chi2-เกณฑ์|n ความคุ้มค่า
เกณฑ์ความสำคัญสำหรับ chi2 (ค่าเริ่มต้น 0.01)

--พีชคณิต|r จำนวน
จำนวนพีชคณิตที่ใช้ในการคำนวณ p_values ​​ที่แน่นอน (สำหรับความสัมพันธ์เท่านั้น
ทดสอบ)

--จำนวนต้นไม้ที่จะวิเคราะห์ จำนวน
จำนวนต้นไม้ที่จะวิเคราะห์ในการวิเคราะห์โลคัลไลเซชัน (สำหรับการแปลเป็นภาษาท้องถิ่นเท่านั้น
วิธีโดยใช้อักขระ S)

--tree-to-วิเคราะห์ จำนวน
ด้วยตัวเลือกนี้ คุณสามารถระบุต้นไม้ที่จะใช้ (แทนการสุ่ม) สามารถใช้ได้
หลายครั้งเพื่อระบุต้นไม้หลายต้น

--s-ไซต์-หมายเลข จำนวน
จำนวนไซต์อักขระ S ในลำดับ (สำหรับวิธีการโลคัลไลเซชันโดยใช้ .เท่านั้น
ตัว S)

--s-site-ตัวละคร การเปลี่ยนแปลง
สถานะอักขระสำหรับอักขระ S: สถานะบรรพบุรุษ -> สถานะที่ได้รับ เช่น G->C หรือ
0->1 (สำหรับวิธีการโลคัลไลเซชันโดยใช้อักขระ S เท่านั้น)

--co-evo|อี "ง่าย"|"สองเท่า"
ประเภทของดัชนีวิวัฒนาการร่วม
ง่าย ๆ : ใช้เฉพาะ anc -> der การเปลี่ยนแปลงของ S เท่านั้น
double: ใช้ทรานซิชันที่เป็นไปได้สองแบบ

--พิมพ์-ต้นไม้
หากเลือกตัวเลือกนี้ ต้นไม้จะถูกพิมพ์ไปที่ผลลัพธ์

--anc-seq anc_seq
ด้วยตัวเลือกนี้ คุณสามารถระบุลำดับบรรพบุรุษได้ ตัวเลือกนี้เท่านั้น
มีประโยชน์เมื่อสร้างต้นไม้ขึ้นใหม่โดยใช้โปรแกรมผสมของ phylip กับ
สถานะของบรรพบุรุษที่ระบุไว้ในไฟล์ "บรรพบุรุษ"

--nb-ไฟล์ จำนวน
ด้วยตัวเลือกนี้ คุณจะระบุจำนวนไฟล์อินพุต (1 และ 2) เพื่อวิเคราะห์ This
ตัวเลือกใช้ได้กับการทดสอบการเชื่อมโยงเท่านั้น ระวังถ้าจำนวนต้นไม้เป็น
ไม่เหมือนกันสำหรับไฟล์อินพุตที่ต่างกัน: หากทรีที่เลือกไม่มีอยู่ใน
ไฟล์เดียว โปรแกรมจะทำงานไม่ถูกต้อง

DESCRIPTION

โครงการ ดำเนินการ

(a) การทดสอบความสัมพันธ์ระหว่างยีนของผู้สมัครกับโรคหรือลักษณะเชิงปริมาณ

(b) การทดสอบโลคัลเซชัน: อนุญาตให้ตรวจสอบว่า SNP ใดเกี่ยวข้องกับการกำหนดระดับของ
โรคหรือลักษณะเชิงปริมาณ

การทดสอบทั้งสองนี้มีพื้นฐานมาจากการวิเคราะห์ต้นไม้สายวิวัฒนาการแบบแฮปโลไทป์

ใช้ altreep ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net