createBackboneMFA - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

addUnalignedIntervals - ส่วนหนึ่งของแพ็คเกจ mauveAligner
AlignerProjector - ส่วนหนึ่งของแพ็คเกจ mauveAligner
backbone_global_to_local - ส่วนหนึ่งของแพ็คเกจ mauveAligner
bbAnalyze - ส่วนหนึ่งของแพ็คเกจ mauveAligner
createBackboneMFA - ส่วนหนึ่งของแพ็คเกจ mauveAligner
getAlignmentWindows - ส่วนหนึ่งของแพ็คเกจ mauveAligner
getOrthologList - ส่วนหนึ่งของแพ็คเกจ mauveAligner
makeBadgerMatrix - ส่วนหนึ่งของแพ็คเกจ mauveAligner
mauveToXMFA - ส่วนหนึ่งของแพ็คเกจ mauveAligner
mfa2xmfa - ส่วนหนึ่งของแพ็คเกจ mauveAligner
projectAndStrip - ส่วนหนึ่งของแพ็คเกจ mauveAligner
randomGeneSample - ส่วนหนึ่งของแพ็คเกจ mauveAligner
scoreAlignment - ส่วนหนึ่งของแพ็คเกจ mauveAligner
stripGapColumns - ส่วนหนึ่งของแพ็คเกจ mauveAligner
stripSubsetLCBs - ส่วนหนึ่งของแพ็คเกจ mauveAligner
toGrimmFormat - ส่วนหนึ่งของแพ็คเกจ mauveAligner
toMultiFastA - ส่วนหนึ่งของแพ็คเกจ mauveAligner
toRawSequence - ส่วนหนึ่งของแพ็คเกจ mauveAligner
uniqueMerCount - ส่วนหนึ่งของแพ็คเกจ mauveAligner
uniquifyTrees - ส่วนหนึ่งของแพ็คเกจ mauveAligner
xmfa2maf - ส่วนหนึ่งของแพ็คเกจ mauveAligner

DESCRIPTION

เครื่องมือเหล่านี้เป็นของแพ็คเกจ mauveAligner ไม่ได้ระบุไว้อย่างชัดเจนแต่
กำลังพิมพ์บรรทัดเรื่องย่อซึ่งซ้ำที่นี่

เพิ่มUnalignedIntervals ระยะห่าง ไฟล์> <เอาท์พุท ระยะห่าง ไฟล์>

การจัดตำแหน่งโปรเจคเตอร์ xmfa> <เอาท์พุท xmfa> <มฟ หมายเลข อินพุต> <มฟ หมายเลข เอาท์พุต> <รายการ of
วินาที ไปยัง รวม, ที่เริ่มต้น at 0>

backbone_global_to_local <xmfa ไฟล์> <กระดูกสันหลัง ไฟล์> <เอาท์พุท ไฟล์>

bbวิเคราะห์ <xmfa ไฟล์> <คำแนะนำ ต้นไม้> <กระดูกสันหลัง ภาคต่อ ไฟล์> <กระดูกสันหลัง Col ไฟล์> <มีคำอธิบายประกอบ
หมายเลข ดัชนี> <เอาท์พุท ไฟล์>

ดัชนี seq ที่มีคำอธิบายประกอบเริ่มต้นที่ 0

สร้างBackboneMFA ระยะห่าง ไฟล์> <เอาท์พุท MFA ได้ทุกที่ ชื่อ>

getAlignmentWindows.getAlignment <XMFA การจัดตำแหน่ง> <หน้าต่าง ความยาว> <หน้าต่าง เปลี่ยน จำนวน> <ฐาน เอาท์พุต
ชื่อไฟล์>

getOrthologList.getOrthologList getOrthologList.getOrthologList xmfa> <กระดูกสันหลัง หมายเลข ไฟล์> <อ้างอิง จีโนม> <ซีดี
ออร์โธโลจี ชื่อไฟล์> <ซีดี การวางแนว ฐาน ชื่อ>

ทำแบดเจอร์เมทริกซ์ ทำแบดเจอร์เมทริกซ์ xmfa> <เอาท์พุท รบกวน ไฟล์> <แอลซีบี ประสานงาน ไฟล์>

สีม่วงToXMFA สีม่วงToXMFA <สีม่วง การวางแนว อินพุต> <XMFA เอาท์พุต>

mfa2xmfa <คฟอ การวางแนว อินพุต> <XMFA การวางแนว เอาท์พุต> [ไม่สอดคล้อง ฟาสต์เอ เอาท์พุต]

โครงการAndStrip xmfa> <เอาท์พุท xmfa> ...

ตัวระบุลำดับตัวเลขเริ่มต้นที่ 0

สุ่มตัวอย่างยีน xmfa> <กระดูกสันหลัง หมายเลข ไฟล์> <ตัวอย่าง จีโนม> <หมายเลข of ยีน>
<เอาท์พุท ฐาน ชื่อ> [สุ่ม เมล็ดพันธุ์]

คะแนนการจัดตำแหน่ง <ถูกต้อง การจัดตำแหน่ง> <คำนวณแล้ว การจัดตำแหน่ง> [วิวัฒนาการ ลำดับ ไฟล์] [สลาแกน]

แถบช่องว่างคอลัมน์ XMFA> <เอาท์พุท XMFA>

แถบซับเซ็ตLCBs xmfa> bbcols> <เอาท์พุท xmfa> [นาที AML ถึงคุณ] [นาที จีโนม]
[สุ่ม ตัวอย่างย่อย ไปยัง X กิโลไบต์]

เป็น GrimmFormat <สีม่วง การจัดตำแหน่ง> <จีโนม 1 chr ความยาว>... N chr ความยาว>

ไปยังMultiFastA ระยะห่าง ไฟล์> <เอาท์พุท ฐาน ชื่อ>

เป็น RawSequence ลำดับ> <เอาท์พุท ไฟล์>

MerCount ที่ไม่ซ้ำใคร <เรียงลำดับแล้ว Mer รายการ>

ต้นไม้ที่ไม่ซ้ำใคร <เน็กซัส อินพุต ไฟล์> <เน็กซัส เอาท์พุต ไฟล์>

ต้นไม้ทั้งหมดในไฟล์อินพุตต้องมีหมายเลขอนุกรมวิธานและอนุกรมวิธานเหมือนกัน
ฉลาก

xmfa2maf <xmfa อินพุต> <มาฟ เอาท์พุต>

ใช้ createBackboneMFA ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net