gmx-vanhove - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

gmx-vanhove - คำนวณ Van Hove displacement และฟังก์ชันสหสัมพันธ์

เรื่องย่อ

จีเอ็มเอ็กซ์ แวนโฮฟ [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ออม [<.xpm>]] [หรือ [<.xvg>]] [-อต [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[ตอนนี้] [-xvg ]
[-ตร.ม ] [-เอฟเอ็ม ] [-rmax ] [-rbin ]
[-มม.สูงสุด ] [-nระดับ ] [-ไม่มี ] [-fr ]
[-rt ] [- ฟุต ]

DESCRIPTION

GMX แวนโฮฟ คำนวณฟังก์ชันสหสัมพันธ์ Van Hove Van Hove G(r,t) คือ
ความน่าจะเป็นที่จะพบอนุภาคที่ r_0 ณ ​​เวลาศูนย์ที่ตำแหน่ง r_0+r at
เวลาที GMX แวนโฮฟ กำหนด G ไม่ใช่สำหรับเวกเตอร์ r แต่สำหรับความยาวของ r ดังนั้นมัน
ให้ความน่าจะเป็นที่อนุภาคเคลื่อนที่เป็นระยะทาง r ในเวลา t กระโดดข้าม
ขอบเขตเป็นระยะจะถูกลบออก มีการแก้ไขสำหรับการปรับขนาดเนื่องจาก isotropic หรือ
ข้อต่อแรงดันแบบแอนไอโซทรอปิก

ด้วยตัวเลือก -ออม เมทริกซ์ทั้งหมดสามารถเขียนเป็นฟังก์ชันของ t และ r หรือเป็นฟังก์ชัน
ของ sqrt(t) และ r (ตัวเลือก -ตร.ม).

ด้วยตัวเลือก หรือ ฟังก์ชัน Van Hove ถูกพล็อตสำหรับค่า t ตั้งแต่หนึ่งค่าขึ้นไป ตัวเลือก -ไม่มี
กำหนดจำนวนครั้ง option -fr ระยะห่างระหว่างเวลา binwidth
ถูกตั้งค่าด้วย option -rbin. จำนวนถังขยะจะถูกกำหนดโดยอัตโนมัติ

ด้วยตัวเลือก -อต อินทิกรัลจนถึงระยะหนึ่ง (ตัวเลือก -rt) ถูกพล็อตเป็น a
ฟังก์ชั่นของเวลา

สำหรับเฟรมทั้งหมดที่อ่านพิกัดของอนุภาคที่เลือกจะถูกเก็บไว้ใน
หน่วยความจำ. ดังนั้นโปรแกรมอาจใช้หน่วยความจำมาก สำหรับตัวเลือก -ออม และ -อต
โปรแกรมอาจจะช้า ทั้งนี้เนื่องจากการคำนวณขยายตามจำนวนเฟรมครั้ง
-เอฟเอ็ม or - ฟุต. โปรดทราบว่าด้วย -dt ตัวเลือกการใช้หน่วยความจำและเวลาในการคำนวณได้
ลดลง

OPTIONS

ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
วิถี: ความปีติยินดี TRR CPT เยี่ยมมาก g96 พีดีบี ทง

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
โครงสร้าง+มวล(db): tpr เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK เอนท์

-n [<.ndx>] (index.ndx) (เลือกได้)
ไฟล์ดัชนี

ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:

-ออม [<.xpm>] (vanhove.xpm) (เลือกได้)
ไฟล์เมทริกซ์ที่รองรับ X PixMap

หรือ [<.xvg>] (vanhove_r.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

-อต [<.xvg>] (vanhove_t.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

ตัวเลือกอื่น:

-b (0)
เฟรมแรก (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-e (0)
เฟรมสุดท้าย (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-dt (0)
ใช้เฟรมเฉพาะเมื่อ t MOD dt = ครั้งแรก (ps)

-[ตอนนี้ (ไม่มี)
ดูผลลัพธ์ .xvg, .xpm, .eps และ .pdb ไฟล์

-xvg
การจัดรูปแบบพล็อต xvg: xmgrace, xmgr, none

-ตร.ม (0)
ใช้ sqrt(t) บนแกนเมทริกซ์ซึ่งเว้นวรรค # ใน sqrt(ps)

-เอฟเอ็ม (0)
จำนวนเฟรมในเมทริกซ์ 0 คือพล็อตทั้งหมด

-rmax (2)
r สูงสุดในเมทริกซ์ (นาโนเมตร)

-rbin (0.01)
Binwidth ในเมทริกซ์และ for หรือ (นาโนเมตร)

-มม.สูงสุด (0)
ความหนาแน่นสูงสุดในเมทริกซ์ คำนวณ 0 (1/นาโนเมตร)

-nระดับ (81)
จำนวนระดับในเมทริกซ์

-ไม่มี (1)
จำนวนโค้งสำหรับ หรือ เอาท์พุต

-fr (0)
ระยะห่างเฟรมสำหรับ หรือ เอาท์พุต

-rt (0)
ขีด จำกัด การบูรณาการสำหรับ -อต เอาท์พุท (นาโนเมตร)

- ฟุต (0)
จำนวนเฟรมใน -อต เอาต์พุต 0 คือพล็อตทั้งหมด

ใช้ gmx-vanhove ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net