นี่คือคำสั่ง hhmake ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
hhmake - สร้าง HMM จากการจัดตำแหน่งอินพุตหรือแปลงระหว่างรูปแบบ HMMER และ HHsearch
รูป
เรื่องย่อ
โฮะๆ -i ไฟล์ [ตัวเลือก]
DESCRIPTION
HHmake เวอร์ชัน 2.0.16 (มกราคม 2013) สร้าง HMM จากการจัดตำแหน่งอินพุตใน A2M, A3M หรือ
รูปแบบ FASTA หรือแปลงระหว่างรูปแบบ HMMER (.hmm) และรูปแบบ HHsearch (.hhm) Remmert
M, Biegert A, Hauser A และ Soding J. HHblits: ลำดับโปรตีนที่วนซ้ำอย่างรวดเร็วฟ้าผ่า
ค้นหาโดยการจัดตำแหน่ง HMM-HMM แนท. วิธี 9:173-175 (2011) (C) โยฮันเนส โซดิง
ไมเคิล เรมเมิร์ต, อันเดรียส บีเกิร์ต, อันเดรียส เฮาเซอร์
-i
การจัดแนวข้อความค้นหา (A2M, A3M หรือ FASTA) หรือแบบสอบถาม HMM
เอาท์พุต ตัวเลือก:
-o
ไฟล์ HMM ที่จะเขียน (default= )
-a
ไฟล์ HMM ที่จะต่อท้าย
-v
โหมด verbose: 0:ไม่มีเอาต์พุตหน้าจอ 1:เพียง warings 2: verbose
-seq
สูงสุด จำนวนลำดับการสืบค้น/เทมเพลตที่แสดง (def=10) ระวังโอเวอร์โฟลว์! ทั้งหมด
ลำดับเหล่านี้ถูกเก็บไว้ในหน่วยความจำ
-ข้อเสีย ทำให้ลำดับต้นแบบของลำดับฉันทามติของแบบสอบถามMSA
-แยม
ใช้ชื่อนี้สำหรับ HMM (ค่าเริ่มต้น: ใช้ชื่อลำดับแรก)
กรองแบบสอบถามการจัดตำแหน่งหลายลำดับ
-NS [0,100] เอกลักษณ์ของลำดับคู่สูงสุด (%) (def=90)
-ความแตกต่าง [0,อินเอฟ[
กรอง MSA โดยเลือกชุดลำดับที่หลากหลายที่สุด โดยคงไว้อย่างน้อยจำนวนนี้
seqs ในแต่ละบล็อก MSA ที่มีความยาว 50 (def=100)
-โคว [0,100] ความครอบคลุมขั้นต่ำพร้อมข้อความค้นหา (%) (def=0)
-qid [0,100] เอกลักษณ์ของลำดับขั้นต่ำพร้อมข้อความค้นหา (%) (def=0)
-qsc [0,100] คะแนนขั้นต่ำต่อคอลัมน์พร้อมแบบสอบถาม (def=-20.0)
-เนฟฟ์ [1,อินฟ]
เป้าหมายความหลากหลายของการจัดตำแหน่ง (ค่าเริ่มต้น=ปิด)
อินพุต การวางแนว รูปแบบ:
-M a2m ใช้ A2M/A3M (ค่าเริ่มต้น): ตัวพิมพ์ใหญ่ = ตรงกัน; ตัวพิมพ์เล็ก = แทรก; '-' = ลบ; '.' =
ช่องว่างที่ชิดกับเม็ดมีด (อาจละเว้น)
-M เป็นครั้งแรก
ใช้ FASTA: คอลัมน์ที่มีเรซิดิวในลำดับที่ 1 เป็นสถานะการจับคู่
-M [0,100]
ใช้ FASTA: คอลัมน์ที่มีช่องว่างน้อยกว่า X% เป็นสถานะการจับคู่
หลอก (PC) ตัวเลือก:
-pcm การพึ่งพาตำแหน่ง 0-2 ของส่วนผสมพีซี 'tau' (โหมดพีซี ค่าเริ่มต้น = 0)
0: ไม่นับหลอก:
เทา = 0
1: ค่าคงที่
เทา = a
2: ขึ้นอยู่กับความหลากหลาย: tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: จำนวน
seqs ที่มีประสิทธิภาพใน MSA ในพื้นที่รอบ ๆ คอลัมน์ i) 3: pseudocounts ความหลากหลายคงที่
-พีซีเอ [0,1] ส่วนผสมนับเทียมโดยรวม (def=1.0)
-พีซีบี [1,inf[ ค่าเกณฑ์ Neff สำหรับ -pcm 2 (def=1.5)
-พีซีซี [0,3] เลขชี้กำลังการสูญพันธุ์ c สำหรับ -pcm 2 (def=1.0)
-pre_pca [0,1]
PREFILTER ส่วนผสมเทียมจำนวนเทียม (def=0.8)
-pre_pcb [1,inf[ เกณฑ์ PREFILTER สำหรับ Neff (def=1.8)
เฉพาะบริบท หลอกนับ:
-nocontxt
ใช้ substitution-matrix แทน pseudocounts เฉพาะบริบท
-บริบท ไฟล์บริบทสำหรับการคำนวณ pseudocounts เฉพาะบริบท
(ค่าเริ่มต้น=./data/context_data.lib)
-cslib
ไฟล์สถานะคอลัมน์สำหรับการกรองฐานข้อมูลล่วงหน้าอย่างรวดเร็ว (default=./data/cs219.lib)
ตัวอย่าง: hhmake -i ทดสอบ a3m
ใช้ hhmake ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
