นี่คือคำสั่ง hmmetch ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
hmmetch - ดึงโปรไฟล์ HMM จากไฟล์
เรื่องย่อ
hmfetch [ตัวเลือก]
(เรียก HMM ชื่อ )
hmfetch -f [ตัวเลือก]
(ดึง HMM ทั้งหมดที่ระบุไว้ใน )
hmfetch --ดัชนี [ตัวเลือก]
(ดัชนี สำหรับดึง)
DESCRIPTION
เรียกข้อมูล HMM โปรไฟล์หนึ่งรายการขึ้นไปจาก an . ได้อย่างรวดเร็ว (ฐานข้อมูล Pfam ขนาดใหญ่สำหรับ
ตัวอย่าง).
เพื่อความเร็วสูงสุด ควรจัดทำดัชนีก่อนโดยใช้ hmfetch --ดัชนี.
index เป็นไฟล์ไบนารีชื่อ .ssi. อย่างไรก็ตาม นี่เป็นทางเลือก และการดึงข้อมูลจะ
ยังคงทำงานจากไฟล์ที่ไม่ได้จัดทำดัชนี แม้ว่าจะช้ากว่ามาก
โหมดเริ่มต้นคือการเรียกโปรไฟล์เดียวตามชื่อหรือภาคยานุวัติที่เรียกว่า .
ตัวอย่างเช่น:
% hmmetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% hmmetch Pfam-A.hmm PF00045
กับ -f ตัวเลือกก ที่มีรายการหนึ่งหรือหลายคีย์จะถูกอ่านแทน
ฟิลด์ที่คั่นด้วยช่องว่างแรกในแต่ละบรรทัดที่ไม่ใช่ความคิดเห็นที่ไม่ใช่ช่องว่างของ
ใช้เป็น และข้อมูลที่เหลืออยู่ในบรรทัดจะถูกละเว้น ทำให้มีความหลากหลาย
ของไฟล์ข้อมูลที่คั่นด้วยช่องว่างที่จะใช้เป็น NS.
เมื่อใช้ -f และ ถ้า อืมไฟล์ ได้รับการจัดทำดัชนีแล้ว กุญแจจะถูกดึงใน
ลำดับที่เกิดขึ้นใน ไฟล์คีย์, แต่ถ้า อืมไฟล์ ไม่ได้จัดทำดัชนี คีย์จะถูกดึงใน
ลำดับที่เกิดขึ้นใน อืมไฟล์. นี่เป็นผลข้างเคียงของการใช้งานที่ช่วยให้
หลายคีย์ที่จะดึงแม้ว่า เป็นกระแสที่ไม่สามารถย้อนกลับได้ เช่น a
ท่ออินพุตมาตรฐาน
ในการใช้งานปกติ (ไม่มี --ดัชนี or -f ตัวเลือก), อาจเป็น '-' (ขีด) ซึ่งหมายถึง
การอ่านข้อมูลจาก สเตดิน แทนที่จะเป็นไฟล์. กับ --ดัชนี ตัวเลือก อาจไม่
เป็น '-'; ไม่เหมาะสมที่จะสร้างดัชนีสตรีมอินพุตมาตรฐาน กับ -f ตัวเลือก
ทั้ง or (แต่ไม่ใช่ทั้งสองอย่าง) อาจเป็น '-' มักจะมีประโยชน์อย่างยิ่ง
อ่าน จากอินพุตมาตรฐานเพราะอนุญาตให้ใช้คำสั่งตามอำเภอใจ
เรียกใช้บรรทัดเพื่อสร้างรายชื่อ HMM หรือภาคยานุวัติ จากนั้นดึงข้อมูลทั้งหมดไปที่ใหม่
ไฟล์ด้วยคำสั่งเดียว
ตามค่าดีฟอลต์ HMM ที่ดึงออกมาจะถูกพิมพ์ไปยังเอาต์พุตมาตรฐานในรูปแบบ HMMER3
OPTIONS
-h ช่วย; พิมพ์การแจ้งเตือนสั้นๆ เกี่ยวกับการใช้บรรทัดคำสั่งและตัวเลือกที่มีทั้งหมด
-f อาร์กิวเมนต์ commandline ที่สองคือ a แทนที่จะเป็นคนเดียว .
ช่องแรกในแต่ละบรรทัดของ ถูกใช้เป็นการดึงข้อมูล (ชื่อ HMM
หรือภาคผนวก) บรรทัดว่างและบรรทัดแสดงความคิดเห็น (ที่ขึ้นต้นด้วยอักขระ # ตัว) are
ละเว้น
-o ส่งออก HMM ไปยังไฟล์ แทนที่จะเป็นเอาต์พุตมาตรฐาน
-O ส่งออก HMM ไปยังแต่ละไฟล์ที่ชื่อ แทนเอาต์พุตมาตรฐาน กับ
-f ตัวเลือกนี้อาจส่งผลให้มีการสร้างไฟล์จำนวนมาก
--ดัชนี
แทนที่จะเรียกโปรไฟล์ตั้งแต่หนึ่งรายการขึ้นไปจาก , ดัชนี เป็นเวลา
การสืบค้นข้อมูลในอนาคต สิ่งนี้สร้าง .ssi ไฟล์ดัชนีไบนารี
ใช้ hmmetch ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
