นี่คือคำสั่ง SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh ที่สามารถทำงานในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh - ทำนายผลของการแทนที่กรดอะมิโนต่อ
ฟังก์ชั่นโปรตีน
เรื่องย่อ
SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh
[BLAST_โปรเซสเซอร์]
DESCRIPTION
SIFT คาดการณ์ว่าการแทนที่กรดอะมิโนจะส่งผลต่อการทำงานของโปรตีนโดยอิงจาก
ความคล้ายคลึงของลำดับและคุณสมบัติทางกายภาพของกรดอะมิโน
ผลลัพธ์จะถูกเก็บไว้ใน ./ .SIFT การทำนาย.
โปรแกรมนี้ใช้สำหรับอินพุต FASTA และเป็นส่วนหนึ่งของชุด SIFT
OPTIONS
ลำดับโปรตีนในรูปแบบฟาสต้า
ฐานข้อมูลโปรตีนเพื่อค้นหา ลำดับเหล่านี้ถือว่าใช้งานได้
ไฟล์การทดแทนที่จะคาดการณ์ ดู /usr/share/doc/sift/examples/lacI.subst
สำหรับตัวอย่างรูปแบบ หากคุณให้ '-' คะแนนสำหรับการกลายพันธุ์ทั้งหมดของทั้ง
พิมพ์ลำดับโปรตีน
[BLAST_โปรเซสเซอร์]
จำนวนโปรเซสเซอร์/คอร์ที่ใช้เมื่อรัน blast ผ่าน -a ข้อโต้แย้ง.
ตัวอย่าง
SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh /usr/share/doc/sift/examples/lacI.fasta [BLAST_DB] /usr/share/doc/sift/examples/lacI.subst
ใช้ SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
