asn2fsa - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

asn2fsa - i-convert ang biological sequence data mula sa ASN.1 patungong FASTA

SINOPSIS

asn2fsa [-] [-A acc] [-D] [-E] [-H] [-L filename] [-T] [-a uri] [-b] [-c] [-d landas]
[-e N] [-f landas] [-g] [-h filename] [-i filename] [-k] [-l] [-m] [-o filename] [-p landas]
[-q filename] [-r] [-s] [-u] [-v filename] [-x STR] [-z]

DESCRIPTION

asn2fsa kino-convert ang biological sequence data mula sa ASN.1 patungong FASTA.

Opsyon

Ang isang buod ng mga opsyon ay kasama sa ibaba.

- I-print ang mensahe ng paggamit

-A acc Accession para kunin

-D Gamitin ang Dash para sa Gap

-E Pinalawak na Seq-id

-H Mga haba ng HTML

-L filename
Mag-log file

-T Gumamit ng mga Thread

-a uri
Uri ng input ASN.1:
a Automatic (default)
z Anuman
e Seq-entry
b Bioseq
s Bioseq-set
m Seq-isumite
t batch processing (angkop para sa mga opisyal na release; autodetects partikular na uri)

-b Ang Bioseq-set ay Binary

-c Ang Bioseq-set ay Compressed

-d landas
Path sa ReadDB Database

-e N Haba ng linya (70 bilang default; maaaring mula 10 hanggang 120)

-f landas
Path sa na-index na data ng FASTA

-g Palawakin ang delta gaps sa Ns

-h filename
Far component cache output pangalan ng file

-i filename
Single input file (standard input bilang default)

-k Lokal na pagkuha

-l I-lock ang mga bahagi nang maaga

-m Master style para sa malapit na naka-segment na mga sequence

-o filename
Pangalan ng file ng Nucleotide Output

-p landas
Path sa ASN.1 Files

-q filename
Pangalan ng file ng output ng marka ng kalidad

-r Remote na pagkuha mula sa NCBI

-s Malayong genomic contig para sa mga marka ng kalidad

-u Ulitin

-v filename
Pangalan ng file ng output ng protina

-x STR Substring ng pagpili ng file (.ent bilang default) [String]

-z I-print ang agwat ng marka ng kalidad bilang -1

Gamitin ang asn2fsa online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net