cd-hit-2d-para - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

cd-hit-2d-para.pl - hatiin ang isang malaking clustering job sa mga piraso upang patakbuhin ang cd-hit-2d o cd-hit-
est-2d na mga trabaho

SINOPSIS

cd-hit-2d-para.pl pagpipilian

DESCRIPTION

Hinahati ng script na ito ang isang malaking clustering na trabaho sa mga piraso at isumite ang mga trabaho sa remote
mga computer sa isang network upang gawin itong magkatulad. Matapos ang lahat ng mga trabaho, ang
Pinagsama-sama ng script ang mga resulta ng clustering na parang nagpapatakbo ka lang ng isang solong cd-hit-2d o
cd-hit-est-2d.

Maaari mo ring gamitin ito upang hatiin ang malalaking trabaho sa isang computer kung gagawin ng iyong computer
walang sapat na RAM (na may -L pagpipilian).

Kinakailangan:
1 Kapag pinatakbo ang script na ito sa isang network, ang direktoryo kung saan mo

patakbuhin ang mga script at ang mga input file ay dapat na available sa lahat ng remote na host na may
magkatulad na landas.

2 Kung pipiliin mo ang "ssh" na magsumite ng mga trabaho, kailangan mong magkaroon

passwordless ssh sa alinmang remote host, tingnan ang ssh manual para malaman kung paano mag-set up
walang password na ssh.

3 Iminumungkahi kong gumamit ng queuing system sa halip na ssh,

Kasalukuyan akong sumusuporta sa PBS at SGE

4 cd-hit-2d cd-hit-est-2d cd-hit-div cd-hit-div.pl ay dapat

sa parehong direktoryo kung saan nakalagay ang script na ito.

Options

-i input filename para sa 1st db sa fasta format, kinakailangan

-i2 input filename para sa 2nd db sa fasta format, kinakailangan

-o output filename, kinakailangan

--P program, "cd-hit-2d" o "cd-hit-est-2d", default na "cd-hit-2d"

--B filename ng listahan ng mga host, requred maliban kung -Q or -L ang opsyon ay ibinibigay

--L bilang ng cpus sa lokal na computer, default na 0 kapag hindi mo ito pinapatakbo sa a
cluster, maaari mong gamitin ang opsyong ito upang hatiin ang isang malaking clustering na trabaho sa maliliit na piraso,
I suggest you just use "--L 1" unless you have enough RAM for each cpu

--S Bilang ng mga segment na hahatiin sa 1st db, default 2

--S2 Bilang ng mga segment na hahatiin sa 2nd db, default na 8

--Q bilang ng mga trabaho na isusumite sa queue queuing system, default na 0 bilang default, ang programa
gumamit ng ssh mode para magsumite ng malayuang trabaho

--T uri ng queuing system, "PBS", "SGE" ay suportado, default na PBS

--R i-restart ang file, na ginamit pagkatapos ng pag-crash ng run

-h i-print ang tulong na ito

Higit pang cd-hit-2d/cd-hit-est-2d na mga opsyon ang maaaring tukuyin sa command line

Mga tanong, bug, makipag-ugnayan kay Weizhong Li sa [protektado ng email]

Gumamit ng cd-hit-2d-para online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net