cd-hit-para - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

cd-hit-para.pl - hatiin ang isang malaking clustering job sa mga piraso upang magpatakbo ng cd-hit o cd-hit-est na mga trabaho

SINOPSIS

cd-hit-para.pl pagpipilian

DESCRIPTION

Hinahati ng script na ito ang isang malaking clustering na trabaho sa mga piraso at isumite ang mga trabaho sa remote
mga computer sa isang network upang gawin itong magkatulad. Matapos ang lahat ng mga trabaho, ang
Pinagsama-sama ng script ang mga resulta ng clustering na parang nagpapatakbo ka lang ng isang cd-hit o
cd-hit-est.

Maaari mo ring gamitin ito upang hatiin ang malalaking trabaho sa isang computer kung gagawin ng iyong computer
walang sapat na RAM (na may -L pagpipilian).

Kinakailangan:
1 Kapag pinatakbo ang script na ito sa isang network, ang direktoryo kung saan mo

patakbuhin ang mga script at ang mga input file ay dapat na available sa lahat ng remote na host na may
magkatulad na landas.

2 Kung pipiliin mo ang "ssh" na magsumite ng mga trabaho, kailangan mong magkaroon

passwordless ssh sa alinmang remote host, tingnan ang ssh manual para malaman kung paano mag-set up
walang password na ssh.

3 Iminumungkahi kong gumamit ng queuing system sa halip na ssh,

Kasalukuyan akong sumusuporta sa PBS at SGE

4 na cd-hit cd-hit-2d cd-hit-est cd-hit-est-2d

Ang cd-hit-div cd-hit-div.pl ay dapat nasa parehong direktoryo kung saan nakalagay ang script na ito.

Options

-i input filename sa fasta format, kinakailangan

-o output filename, kinakailangan

--P program, "cd-hit" o "cd-hit-est", default na "cd-hit"

--B filename ng listahan ng mga host,

kinakailangan maliban kung -Q or -L ang opsyon ay ibinibigay

--L bilang ng cpus sa lokal na computer, default 0

kapag hindi mo ito pinapatakbo sa isang cluster, maaari mong gamitin ang opsyong ito para hatiin ang isang malaking
pag-cluster ng mga trabaho sa maliliit na piraso, iminumungkahi ko na gamitin mo na lang ang "--L 1" maliban kung mayroon ka
sapat na RAM para sa bawat cpu

--S Bilang ng mga segment na hahatiin ang input DB sa, default na 64

--Q bilang ng mga trabahong isusumite sa queue queuing system, default 0

bilang default, ang programa ay gumagamit ng ssh mode upang magsumite ng mga malalayong trabaho

--T uri ng queuing system, "PBS", "SGE" ay suportado, default na PBS

--R i-restart ang file, na ginamit pagkatapos ng pag-crash ng run

-h i-print ang tulong na ito

Higit pang mga cd-hit/cd-hit-est na opsyon ang maaaring tukuyin sa command line

Mga tanong, bug, makipag-ugnayan kay Weizhong Li sa [protektado ng email]

Gumamit ng cd-hit-para online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net