findknownsnps - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

findknownsnps - pangunahing maipapatupad para sa snpomatic

SINOPSIS

findknownsnps pagpipilian

DESCRIPTION

findknownsnps ay ang pangunahing executable para sa snpomatic software.

Opsyon

Kinokontrol ng mga opsyong ito kung ang output ay nakasulat sa (mga) file, karaniwang output, o direkta
sa isang man pager.

--genome=GENOME_FILE
FASTA file na may mga chromosome (mandatory)

--fasta=FASTA_FILE
FASTA file na may Solexa reads (mandatory, maliban kapag ginamit ang --fastq o --index)

--fasta=FASTA_FILE
FASTA file na may Solexa reads (mandatory, maliban kapag ginamit ang --fastq o --index)

--fastq=FASTQ_FILE
FASTQ file na may Solexa reads (mandatory, maliban kapag ginamit ang --fasta o --index)

--fastq2=FASTQ_FILE2
FASTQ file na may Solexa reads (opsyonal; read mate)

--nono=FILENAME
File na may listahan ng mga nabasang pangalan (!) na huwag pansinin (opsyonal)

--regions=REGION_FILE
File ng rehiyon para sa paghahanap ng mga bagong SNP (opsyonal) [DEPRECATED]

--snps=SNP_FILE
Simpleng SNP file (opsyonal)

--gff=GFF_FILE
GFF file na may mga SNP (opsyonal)

--uniqueness=FILE
Mag-output ng uniqueness data file para sa reference; walang Solexa reads na kailangan; nagpapahiwatig
--walang mga shortcut (Opsyonal)

--pileup=FILE
Kumpletong pileup ang mga output sa file na iyon (opsyonal)

--cigar=FILE
Pag-align ng mga output sa CIGAR na format (opsyonal)

--gffout=FILE
Binabasa ang mga output sa format na GFF (opsyonal)

--coverage=FILENAME
Mga output (mataas na lalim) data ng saklaw (opsyonal)

--wobble=FILENAME
Naglalabas ng listahan ng mga posibleng variation (opsyonal; ipinares na reads lang) [UNDER
CONSTRUCTION]

--fragmentplot=FILENAME
Naglalabas ng plot ng pamamahagi ng laki ng fragment sa isang file (opsyonal)

--snpsinreads=FILENAME
Naglalabas ng listahan ng mga nabasa na naglalaman ng mga kilalang SNP sa isang file (opsyonal)

--indelplot=FILENAME
Naglalabas ng indel data sa isang file (opsyonal)

--inversions=FILENAME
Para sa mga ipinares na pagbabasa, nagsusulat ng mga tugmang nabasa na nagsasaad ng mga pagbabaligtad sa isang file (opsyonal)

--faceaway=FILENAME
Para sa mga ipinares na pagbabasa, nagsusulat ng mga tugmang nabasa na "nakaharap ang layo" sa isa't isa sa isang file
(Opsyonal)

--sqlite=FILENAME
Gumagawa ng sqlite text file na may alignment data [EXPERIMENTAL] (opsyonal)

--sam=FILENAME
Lumilikha ng SAM alignment file (opsyonal)

--spancontigs=FILENAME
Ang mga output ay nagbabasa ng mga pares kung saan ang "kalahati" ay nagbabasa ng mapa nang natatangi sa iba't ibang contigs (opsyonal)

--bins=FILE_PREFIX
Naglalabas ng no-match, single-match at multi-match Solexa reads into prefixed files
(Opsyonal)

--binmask=MASK
Mask ng 1s at 0s para patayin ang mga indibidwal na bin. Order: Walang tugma, solong tugma,
multi-match, IUPAC. Halimbawa: Ang 0100 ay gumagawa lamang ng single-match bin. (opsyonal;
default:1111)

--pair=NUMBER
Para sa mga ipinares na pagbabasa, ang haba ng unang bahagi ng nabasa (mandatory para sa ipinares
nagbabasa)

--fragment=NUMBER
Para sa mga ipinares na pagbabasa, ang average na haba ng fragment (mandatory para sa mga ipinares na pagbabasa)

--variance=NUMBER
Para sa mga ipinares na pagbabasa, ang pagkakaiba ng haba ng fragment sa magkabilang panig (opsyonal;
default: 1/4 ng laki ng fragment)

--wobblemax=NUMBER
Maximum na bilang ng mga hindi pagkakatugma para sa wobble (opsyonal; default 2; tingnan ang --wobble)

--mspi=NUMBER
Maximum na bilang ng mga SNP bawat chromosomal index (opsyonal; default:8)

--index=FILENAME
Index filename (malilikha ang index kung wala ito; opsyonal)

--walang mga shortcut
Ipoproseso ang lahat ng chrososomal na rehiyon, maging ang mga may lots'o'repeats (opsyonal; hindi
halaga)

--snpsonly
Mga listahan lang ang nakakita ng mga SNP sa pileup (opsyonal; walang halaga)

--chromosome=NAME
Itinatapon ang lahat ng chromosome ngunit NAME bago tumakbo (opsyonal)

--index_from=NUMBER
Nagsisimula sa pag-index sa posisyong ito sa lahat ng chromosome (opsyonal)

--index_to=NUMBER
Huminto sa pag-index sa posisyong ito sa lahat ng chromosome (opsyonal)

--chop=NUMBER
Para sa mga ipinares na pagbabasa, kung ang isa ngunit hindi ang iba pang mga tugma, paikliin ang isa ng NUMBER
base (opsyonal)

--index1=NUMBER
Haba ng panloob na index 1 (opsyonal; default:10)

--index2=NUMBER
Haba ng panloob na index 2 (opsyonal; default:16)

--memory_save=NUMBER
Ini-index ang genome bawat NUMBER ng mga posisyon; nakakatipid ng memory at runtime, ngunit maaari
may kakaibang epekto (opsyonal)

--multimatch
Naglalagay ng multiple-matching read sa isang random na posisyon (opsyonal) [kasalukuyang ipinares
nagbabasa lang]

--singlematch
Gumaganap lamang ng mga karagdagang function ng output para sa mga solong tugma (opsyonal) [sa kasalukuyan
magkapares na reads lang]

--fom Para sa mga ipinares na pagbabasa, hindi bababa sa isang pagbabasa ang kailangang tumugma nang natatangi sa genome (force one
natatanging tugma) (opsyonal)

--mismatch
Ang bilang ng mga hindi pagkakatugma na pinapayagan sa labas ng index (index1+index2) (opsyonal)

--rpa=FILENAME
Isinulat ang lahat ng read pair alignment sa isang file (opsyonal)

Disyembre 2015 FINDKNOWNSNPS(1)

Gamitin ang findknownsnps online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net