Ito ang command kissplice na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
kissplice - pagtuklas ng mga polymorphism sa RNA-seq data.
SINOPSIS
kissplice -h
kissplice [OPTION] [-r READFILES]
DESCRIPTION
Nakikita ang mga alternatibong kaganapan sa pag-splice at iba pang mga uri ng polymorphism mula sa READFILES (sa
FASTA o FASTQ na format).
Opsyon
-h, - Tumulong
Ipakita ang mensahe ng tulong na ito at lumabas.
-r READFILES
Mag-input ng fasta/q read file (maraming, tulad ng "-r file1 -r file2...").
-k KVAL
laki ng k-mer (default=25).
-l LLMAX
Pinakamataas na haba ng mas maikling landas (default: 2k-1).
-m LL_MIN
Minimum na haba ng mas maikling landas (default 2k-8).
-M UL_MAX
Maximum na haba ng pinakamahabang path (default 1000), nilaktawan ang mga exon na mas mahaba sa UL_MAX
ay hindi naiulat.
-g GRAPH_PREFIX
Path at prefix sa pre-built de Bruijn graph (suffixed by .edges/.nodes) kung magkasama
ginamit sa -r, graph na ginamit para maghanap ng mga bubble at mga read na ginagamit para sa quantification.
-o OUT_DIR
Path upang iimbak ang mga resulta (default = ./results).
-d PATH_TO_TMP
Tukoy na direktoryo (absolute path) kung saan bubuo ng mga pansamantalang file (default
pansamantalang direktoryo kung hindi man).
-t NBPROCS
Bilang ng mga core (dapat ay <= bilang ng mga pisikal na core).
-s Huwag mag-output ng mga SNP (makakatipid ng oras).
-v Verbose mode.
-u Panatilihin ang mga node/edges file para sa mga hindi natapos na bcc.
-c MIN_COV
Itapon ang mga k-mers tha ay naroroon na mas mababa kaysa sa bilang na ito ng beses sa
dataset. (default 2).
-C MIN_RELATIVE_COV
Itapon ang mga gilid na may kaugnay na saklaw sa ibaba ng MIN_RELATIVE_COV na ipinahayag bilang a
porsyento sa [0,1). (default 0.02).
-z GENOME_SIZE
Tinantyang bilang ng mga node sa De-Bruin Graph. (default = 1000000000).
-e MIN_EDIT_DIST
I-classify bilang inexact na inuulit ang mga bubble na mas maliit ang distansya ng pag-edit ng mga path
kaysa sa MIN_EDIT_DIST (default 3).
-y MAX_CYCLES
Pinakamataas na bilang ng mga enumerasyon ng bubble sa bawat bcc. Kung lumampas, walang bubble ang output
para sa bcc (default 10000).
--timeout TIMEOUT
Max na tagal ng oras (sa mga segundo) na ginugol para sa pagbilang ng mga bubble sa bawat bcc. Kung
lumampas, walang bubble ang output para sa bcc (default 900).
--bersyon
Ipakita ang numero ng bersyon ng programa at lumabas.
Gamitin ang kissplice online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net