Ito ang command obgen na maaaring patakbuhin sa OnWorks free hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
obgen — bumuo ng mga 3D na coordinate para sa isang molekula
SINOPSIS
obgen [Opsyon] filename
DESCRIPTION
Ang obgen tool ay bubuo ng mga 3D na coordinate para sa mga molecule sa isang file (hal multi-molecule
SMILES file). Ang resultang istraktura ay ma-optimize gamit ang ibinigay na forcefield at
Sinuri para sa pinakamababang-enerhiya conformer gamit ang isang paghahanap sa Monte Carlo. Ipapadala ang output sa
karaniwang output sa SDF file format.
Opsyon
Kung walang ibinigay na filename, ibibigay ng obgen ang lahat ng mga opsyon kasama ang magagamit na mga forcefield.
-ff forcefield
Piliin ang forcefield
HALIMBAWA
Tingnan ang mga posibleng opsyon, kabilang ang mga available na forcefield:
obgen
Bumuo ng mga 3D na coordinate para sa (mga) molekula sa file test.smi:
obgen test.smi
Bumuo ng mga 3D na coordinate para sa (mga) molekula sa file test.smi gamit ang UFF forcefield:
obgen -ff UFF test.smi
Gumamit ng obgen online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
