Ito ang Linux app na pinangalanang kSNP na tatakbo sa Linux online na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang kSNP3.1_Linux_package.zip. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang kSNP para tumakbo sa Linux online gamit ang OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
kSNP na tumakbo sa Linux online
Ad
DESCRIPTION
Kinikilala ng kSNP ang mga pan-genome na SNP sa isang hanay ng mga pagkakasunud-sunod ng genome, at tinatantya ang mga punong phylogenetic batay sa mga SNP na iyon. Ang pagtuklas ng SNP ay batay sa pagsusuri ng k-mer, at hindi nangangailangan ng maramihang pagkakahanay ng pagkakasunud-sunod o pagpili ng isang reference na genome, kaya maaaring kumuha ang kSNP ng 100 na microbial genome bilang input. Ang isang SNP locus ay tinukoy ng isang oligo ng haba k na nakapalibot sa isang gitnang SNP allele. Maaaring suriin ng kSNP ang parehong mga kumpleto (tapos) na genome at hindi natapos na mga genome sa mga pinagsama-samang contig o hilaw, hindi pa nababasang mga nabasa. Ang mga natapos at hindi natapos na genome ay maaaring masuri nang magkasama, at ang kSNP ay maaaring awtomatikong mag-download ng mga Genbank file ng mga natapos na genome at isama ang impormasyon sa mga file na iyon sa SNP annotation.Gardner, SN and Hall, BG 2013. Kapag hindi gagana ang mga whole-genome alignment: kSNP v2 software para sa pagtuklas ng SNP na walang alignment at phylogenetics ng daan-daang microbial genome. PLoS ONE, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/ksnp/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
