Це команда bp_process_sgdp, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
bp_process_sgd.pl - Перемістіть плоскі файли анотацій SGD у версію, придатну для
Загальний браузер генома
СИНТАКСИС
% bp_process_sgd.pl chromosomal_features.tab > yeast.gff
ОПИС
Цей сценарій обробляє плоскі файли анотації послідовності SGD, розташовані за адресою
ftp://genome-ftp.stanford.edu/pub/yeast/data_dump/feature/chromosomal_features.tab в
версія формату GFF, придатна для відображення загальним браузером геному.
Щоб використовувати цей сценарій, отримайте файл SGD chromosomal_features.tab із зазначеного сайту FTP
вище та запустіть таку команду:
% bp_process_sgd.pl chromosomal_features.tab > yeast.gff
Потім файл yeast.gff можна завантажити в базу даних Bio::DB::GFF, використовуючи наступне
команда:
% bulk_load_gff.pl -d дріжджі.gff
Використовуйте bp_process_sgdp онлайн за допомогою служб onworks.net
