gmx-rdf - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

gmx-rdf - обчислює функції радіального розподілу

СИНТАКСИС

gmx rdf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-cn [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-ту ] [-xvg ] [-[ні]rmpbc]
[-[ні]pbc] [-sf ] [-selrpos ] [-самотип ]
[-бін ] [-[ні]норма] [-[ні]xy] [-[ні]за винятком] [-різати ]
[-rмакс ] [- серфінг ] [-пос ]
[-сіль ]

ОПИС

gmx rdf обчислює функції радіального розподілу з одного еталонного набору позицій (набір
з -пос) до одного або кількох наборів позицій (набір за допомогою -сіль). Щоб обчислити RDF за допомогою
відносно найближчої позиції в наборі -пос натомість використовуйте - серфінг: якщо встановлено, то -пос is
розділені на набори на основі значення - серфінг, а найближча позиція в кожному наборі є
використовується. Щоб обчислити RDF навколо осей, паралельних z-осі, тобто тільки в x-y літак,
використання -xy.

Щоб установити ширину ящика та максимальну відстань для використання в RDF, використовуйте -бін та -rмакс,
відповідно. Останнє можна використати для обмеження обчислювальної вартості, якщо RDF не є
відсотки до замовчування (половина розміру коробки з PBC, у три рази більше розміру коробки
без PBC).

Щоб використовувати виключення з топології (-s), набір -без і переконайтеся, що обидва -пос та -сіль
лише вибрані атоми. Більш грубою альтернативою для виключення внутрішньомолекулярних піків є встановлення -різати
до ненульового значення, щоб очистити RDF на малих відстанях.

RDF нормалізуються 1) середньою кількістю позицій у -пос (кількість груп
з - серфінг), 2) об’єм бункера і 3) середня густина частинок -сіль посади для
той вибір. Щоб використовувати лише перший фактор для нормалізації, установіть -ненорма. В цьому випадку,
RDF масштабується лише з шириною відсіку, щоб інтеграл кривої представляв
кількість пар у межах діапазону. Зверніть увагу, що виключення не впливають на нормалізацію: навіть
if -без встановлено, або -пос та -сіль містять однакову вибірку, коефіцієнт нормалізації є
все ще N*M, а не N* (M-виключено).

для - серфінг, вибір надано -пос необхідно вибрати атоми, тобто центри мас не є
підтримується. Далі, -ненорма мається на увазі, оскільки бункери мають неправильну форму та об’єм
bin нелегко обчислити.

варіант -cn створює кумулятивну кількість RDF, тобто середню кількість частинок усередині
відстань r.

ВАРІАНТИ

Параметри для визначення вхідних файлів:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Необов'язково)
Вхідна траєкторія або одна конфігурація: xtc трр рахувати гро g96 pdb тнг

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Необов'язково)
Структура введення: тпр гро g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Необов'язково)
Додаткові індексні групи

Параметри для визначення вихідних файлів:

-o [<.xvg>] (rdf.xvg)
Обчислені RDF

-cn [<.xvg>] (rdf_cn.xvg) (Необов'язково)
Кумулятивні RDF

Інші варіанти:

-b (0)
Перший кадр (ps) для зчитування з траєкторії

-e (0)
Останній кадр (ps) для читання з траєкторії

-dt (0)
Використовуйте кадр лише, якщо t MOD dt == перший раз (ps)

-ту (пс)
Одиниця значень часу: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (xmgrace)
Форматування графіка: немає, xmgrace, xmgr

-[ні]rmpbc (так)
Зробіть молекули цілісними для кожного кадру

-[ні]pbc (так)
Використовуйте періодичні граничні умови для обчислення відстані

-sf
Надайте вибір із файлів

-selrpos (атом)
Вибір опорних позицій: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
дин_мол_ког

-самотип (атом)
Вихідні позиції вибору за замовчуванням: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
дин_мол_ког

-бін (0.002)
Ширина бункера (нм)

-[ні]норма (так)
Нормалізація для об’єму та щільності бункера

-[ні]xy (немає)
Використовуйте лише компоненти x та y відстані

-[ні]за винятком (немає)
Використовуйте виключення з топології

-різати (0)
Розглядається найкоротша відстань (нм).

-rмакс (0)
Найбільша відстань (нм) для обчислення

- серфінг (немає)
RDF по відношенню до поверхні порівняння: ні, моль, рез

-пос
Вибір посилання для обчислення RDF

-сіль
Вибір для обчислення RDF з довідника

Використовуйте gmx-rdf онлайн за допомогою сервісів onworks.net