gmx-rms – онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

gmx-rms – обчислення RMSD з опорною структурою та матрицями RMSD

СИНТАКСИС

gmx rms [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-f2 [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]]
[-мир [<.xvg>]] [-a [<.xvg>]] [- дист [<.xvg>]] [-m [<.xpm>]]
[-бін [<.dat>]] [-бм [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-ту ] [-[ні]ж] [-xvg ]
[-що ] [-[ні]pbc] [-підходить ] [-попередня ]
[-[ні]розділу] [-пропустити ] [-пропустити2 ] [-макс ]
[-хв ] [-bmax ] [-bmin ] [-[ні]мв]
[-nрівні ] [-нг ]

ОПИС

gmx rms порівнює дві структури, обчислюючи середньоквадратичне відхилення (RMSD).
незалежний від розміру параметр подібності rho (ро) або масштабований ро (rhosc), див. Майоров &
Кріппен, білки 22, 273 (1995). Це вибирає -що.

Кожна структура з траєкторії (-f) порівнюється з еталонною структурою. Довідка
структура береться з файлу структури (-s).

З опцією -мир також порівняння з дзеркальним відображенням еталонної структури є
розраховано. Це корисно як посилання для «значущих» значень, див. Майоров і
Кріппен, білки 22, 273 (1995).

варіант -попередня виробляє порівняння з попереднім кадром заданої кількості кадрів
тому.

варіант -m створює матрицю в .xpm формат порівняння значень кожної структури в
траєкторії відносно один одного структури. Цей файл можна візуалізувати за допомогою for
екземпляр xv і може бути перетворений на постскриптум за допомогою gmx xpm2ps.

варіант -підходить контролює підгонку конструкцій одна над одною за методами найменших квадратів:
повна підгонка (обертання та переклад), лише переклад або взагалі не прилягання.

варіант -mw контролює, чи виконується зважування маси чи ні. Якщо вибрати опцію
(за замовчуванням) і введіть дійсний .tpr масиви файлів будуть взяті звідти, інакше
маси будуть виведені з atommass.dat файл у GMXLIB. Це добре для білків,
але не обов'язково для інших молекул. За замовчуванням призначається маса 12.011 а.е.м. (вуглець).
до невідомих атомів. Ви можете перевірити, чи це сталося, увімкнувши -відлагоджувати прапор і
перевірка файлу журналу.

З -f2, «інші структури» беруться з другої траєкторії, це породжує a
матриця порівняння однієї траєкторії з іншою.

варіант -бін виконує двійковий дамп матриці порівняння.

варіант -бм виробляє матрицю середніх відхилень кута зв'язку, аналогічно -m
варіант. Розглядаються лише зв’язки між атомами в групі порівняння.

ВАРІАНТИ

Параметри для визначення вхідних файлів:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Структура + маса (дБ): тпр гро g96 pdb brk ent

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Траєкторія: xtc трр рахувати гро g96 pdb тнг

-f2 [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Необов'язково)
Траєкторія: xtc трр рахувати гро g96 pdb тнг

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл

Параметри для визначення вихідних файлів:

-o [<.xvg>] (rmsd.xvg)
файл xvgr/xmgr

-мир [<.xvg>] (rmsdmir.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

-a [<.xvg>] (avgrp.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

- дист [<.xvg>] (rmsd-dist.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

-m [<.xpm>] (rmsd.xpm) (Необов'язково)
X PixMap-сумісний матричний файл

-бін [<.dat>] (rmsd.dat) (Необов'язково)
Загальний файл даних

-бм [<.xpm>] (bond.xpm) (Необов'язково)
X PixMap-сумісний матричний файл

Інші варіанти:

-b (0)
Перший кадр (ps) для зчитування з траєкторії

-e (0)
Останній кадр (ps) для читання з траєкторії

-dt (0)
Використовуйте кадр лише тоді, коли t MOD dt = перший раз (ps)

-ту (пс)
Одиниця значень часу: fs, ps, ns, us, ms, s

-[ні]ж (немає)
Переглянути вихід .xvg, .xpm, .eps та .pdb файли

-xvg
Форматування графіка xvg: xmgrace, xmgr, немає

-що (середньоквадратичне значення)
Міра структурної різниці: rmsd, rho, rhosc

-[ні]pbc (так)
Перевірка PBC

-підходить (гниль+транс)
Підходить до опорної структури: rot+trans, переклад, немає

-попередня (0)
Порівняйте з попереднім кадром

-[ні]розділу (немає)
Розділений графік, де час дорівнює нулю

-пропустити (1)
Записуйте лише кожен nr-й кадр у матрицю

-пропустити2 (1)
Записуйте лише кожен nr-й кадр у матрицю

-макс (-1)
Максимальний рівень у матриці порівняння

-хв (-1)
Мінімальний рівень у матриці порівняння

-bmax (-1)
Максимальний рівень у матриці кутів зв'язку

-bmin (-1)
Мінімальний рівень у матриці кутів зв'язку

-[ні]мв (так)
Використовуйте зважування маси для суперпозиції

-nрівні (80)
Кількість рівнів у матрицях

-нг (1)
Кількість груп для обчислення RMS між

Використовуйте gmx-rms онлайн за допомогою служб onworks.net