Це програма для Linux під назвою PRADA, останню версію якої можна завантажити як PRADA.zip. Його можна запустити онлайн у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою PRADA з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
PRADA
Ad
ОПИС
Масово паралельне секвенування кДНК, зворотно транскрибованої з РНК (RNASeq), забезпечує точну оцінку кількості та складу мРНК. Щоб охарактеризувати транскриптом за допомогою аналізу даних RNA-seq, ми розробили PRADA. PRADA зосереджується на обробці та аналізі оцінок експресії генів, ідентифікації злиття генів під наглядом і без нагляду та ідентифікації внутрішньогенних делецій під наглядом.
На даний момент PRADA підтримує 7 модулів для обробки та виявлення аномалій із даних RNAseq:
попередня обробка: генерує вирівняні та відкалібровані файли BAM.
експресія: генерує експресію генів (RPKM) і показники якості.
злиття: визначає злиття генів-кандидатів.
guess-ft: контрольований пошук злиття стенограм.
вгадай, якщо: контрольований пошук внутрішньогенних злиття.
гомологія: обчислює гомологію між даними двома генами.
фрейм: прогнозує функціональні наслідки транскрипту злиття
Функції
- PRADA написана мовою програмування Python і призначена для роботи в середовищі командного рядка в операційних системах UNIX або LINUX.
- Детальний опис кроків встановлення та використання кожного модуля з прикладами доступний у документації за адресою https://sourceforge.net/p/prada/wiki/Home/attachment/pyPRADA.pdf
- Довідкові файли hg19 доступні для завантаження за адресою http://bioinformatics.mdanderson.org/Software/PRADA/
- Щоб видалити артефакти злиття, ми відфільтровуємо гени з кількома партнерами в одному зразку та гомології.
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/prada/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
