Đây là lệnh cmconvert có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
cmconvert - chuyển đổi tệp mô hình hiệp phương sai Infernal
SYNOPSIS
cmconvert [tùy chọn]
MÔ TẢ
Sản phẩm cmconvert tiện ích chuyển đổi tệp mô hình hiệp phương sai đầu vào thành Infernal khác
định dạng.
Theo mặc định, tệp CM đầu vào có thể là bất kỳ tệp CM nào được tạo bởi Infernal phiên bản 1.0 trở lên;
tệp CM đầu ra là định dạng Infernal hiện tại. Tệp từ các phiên bản cũ hơn phiên bản
1.0 không thể được chuyển đổi.
có thể là '-' (gạch ngang), có nghĩa là đọc đầu vào này từ tiêu chuẩn chứ không phải là một tệp.
LỰA CHỌN
-h Cứu giúp; in lời nhắc ngắn gọn về việc sử dụng dòng lệnh và tất cả các tùy chọn có sẵn.
-a Kết xuất hồ sơ ở định dạng văn bản ASCII. Đây là mặc định.
-b Cấu hình đầu ra ở định dạng nhị phân.
-1 Đầu ra ở định dạng văn bản ASCII Infernal1 (Infernal v1.0 đến v1.0.2) kế thừa. Bởi vì
những thay đổi quan trọng giữa phiên bản v1.0.2 và v1.1, bất kỳ tham số thống kê giá trị E nào
được tính toán bởi hiệu chỉnh cm in sẽ không được ghi vào đầu ra đã chuyển đổi
tập tin.
--mlhmm
Không xuất tệp CM. Thay vào đó, hãy xuất ra một HMM có khả năng tối đa p7 được xây dựng từ
mỗi CM trong ở định dạng văn bản HMMER3 ASCII. HMM sẽ được xây dựng
giống với CM nhất có thể mà không cần mô hình hóa cấu trúc phụ. Cái này
tùy chọn có thể hữu ích cho các nghiên cứu so sánh về Infernal và HMMER3.
--fhmm Không xuất tệp CM. Thay vào đó, xuất bộ lọc p7 HMM cho mỗi CM trong
ở định dạng văn bản HMMER3 ASCII.
Sử dụng cmconvert trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
