Đây là lệnh cpgplote có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
cpgplot - Xác định và vẽ đồ thị các đảo CpG trong (các) trình tự nucleotide
SYNOPSIS
cpgplot -sự nối tiếp tiếp theo -thông tin số nguyên -minlen số nguyên -minô phao -minpc phao
-outfile ô uế -âm mưu bật lên -đoạn đồ thị xy -obsexp boolean -cg boolean
-pc boolean -đánh bại kỳ tích
cpgplot -Cứu giúp
MÔ TẢ
cpgplot là một chương trình dòng lệnh từ EMBOSS (“Tổ chức Sinh học Phân tử Châu Âu Mở rộng
Bộ phần mềm"). Nó là một phần của (các) nhóm chỉ huy "Nucleic: CpG Islands".
LỰA CHỌN
Đầu vào phần
-sự nối tiếp tiếp theo
Yêu cầu phần
-thông tin số nguyên
Phần trăm nội dung quản trị công ty và tần suất quan sát được của quản trị công ty được tính toán trong một
cửa sổ có kích thước được thiết lập bởi tham số này. Cửa sổ được chuyển xuống trình tự và
các thống kê này được tính toán tại mỗi vị trí mà cửa sổ được chuyển đến. Vỡ nợ
giá trị: 100
-minlen số nguyên
Điều này đặt độ dài tối thiểu mà đảo CpG phải có trước khi nó được báo cáo.
Giá trị mặc định: 200
-minô phao
Điều này đặt giá trị trung bình tối thiểu quan sát được cho tỷ lệ kỳ vọng của C cộng với G và CpG trong một tập hợp
trong số 10 cửa sổ được yêu cầu trước khi đảo CpG được báo cáo. Giá trị mặc định: 0.6
-minpc phao
Điều này đặt tỷ lệ phần trăm trung bình tối thiểu của G cộng với C một tập hợp 10 cửa sổ là
yêu cầu trước khi đảo CpG được báo cáo. Giá trị mặc định: 50.
Đầu ra phần
-outfile ô uế
Điều này đặt tên của tệp chứa báo cáo tên trình tự đầu vào, CpG
tham số đảo và chi tiết đầu ra của bất kỳ đảo CpG nào được tìm thấy.
-âm mưu bật lên
Giá trị mặc định: Y
-đoạn đồ thị xy
-obsexp boolean
Nếu điều này được đặt thành true thì biểu đồ của tỷ lệ quan sát được so với kỳ vọng của C cộng với G thành
CpG trong một cửa sổ được hiển thị. Giá trị mặc định: Y
-cg boolean
Nếu điều này được đặt thành true thì biểu đồ của các vùng đã được xác định là
Các đảo CpG được hiển thị. Giá trị mặc định: Y
-pc boolean
Nếu điều này được đặt thành true thì biểu đồ của phần trăm C cộng với G trong một cửa sổ là
hiển thị. Giá trị mặc định: Y
-đánh bại kỳ tích
Tệp cho các tính năng đầu ra
Sử dụng cpgplote trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
