fastqc - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

FastQC - công cụ phân tích QC trình tự thông lượng cao

SYNOPSIS

fastqc seqfile1 seqfile2 .. seqfileN

fastqc [-o output dir] [- (no) extract] [-f fastq | bam | sam]

[-c tệp chất gây ô nhiễm] seqfile1 .. seqfileN

MÔ TẢ

FastQC đọc một tập hợp các tệp trình tự và tạo ra từ mỗi tệp một kiểm soát chất lượng
báo cáo bao gồm một số mô-đun khác nhau, mỗi mô-đun sẽ giúp
xác định một loại vấn đề tiềm ẩn khác trong dữ liệu của bạn.

Nếu không có tệp nào để xử lý được chỉ định trên dòng lệnh thì chương trình sẽ
bắt đầu như một ứng dụng đồ họa tương tác. Nếu tệp được cung cấp trên
dòng lệnh sau đó chương trình sẽ chạy mà không cần sự tương tác của người dùng. Trong này
nó phù hợp để đưa vào một đường ống phân tích tiêu chuẩn hóa.

Các tùy chọn cho chương trình như sau:

-h --Cứu giúp
In tệp trợ giúp này và thoát

-v --phiên bản
In phiên bản của chương trình và thoát

-o --outdir
Tạo tất cả các tệp đầu ra trong thư mục đầu ra được chỉ định. Xin lưu ý rằng điều này
thư mục phải tồn tại vì chương trình sẽ không tạo nó. Nếu tùy chọn này không được đặt
thì tệp đầu ra cho mỗi tệp trình tự được tạo trong cùng thư mục với
tệp trình tự đã được xử lý.

--sắn
Các tệp đến từ đầu ra casava thô. Các tệp trong cùng một nhóm mẫu (chỉ khác nhau
theo số nhóm) sẽ được phân tích thành một tập hợp thay vì riêng lẻ. Trình tự
với cờ bộ lọc được đặt trong tiêu đề sẽ bị loại trừ khỏi phân tích. Các tập tin
phải có cùng tên do casava đặt cho chúng (bao gồm cả việc được giải nén và
kết thúc bằng .gz) nếu không chúng sẽ không được nhóm lại với nhau một cách chính xác.

--trích xuất
Nếu được đặt thì tệp đầu ra đã nén sẽ được giải nén trong cùng một thư mục sau
nó đã được tạo ra. Theo mặc định, tùy chọn này sẽ được đặt nếu fastqc được chạy trong
chế độ không tương tác.

-j --java
Cung cấp đường dẫn đầy đủ đến tệp nhị phân java mà bạn muốn sử dụng để khởi chạy fastqc. Nếu không
được cung cấp thì java được coi là có trong đường dẫn của bạn.

--không giải nén
Không giải nén tệp đầu ra sau khi tạo. Bạn nên đặt tùy chọn này nếu
bạn không muốn giải nén đầu ra khi chạy ở chế độ không tương tác.

--nhóm
Tắt nhóm cơ sở cho các lần đọc> 50bp. Tất cả các báo cáo sẽ hiển thị dữ liệu cho mọi
cơ sở trong bài đọc. CẢNH BÁO: Sử dụng tùy chọn này sẽ khiến fastqc bị sập và cháy
nếu bạn sử dụng nó trong những lần đọc thực sự dài, và các âm mưu của bạn có thể có kích thước vô lý.
Bạn đã được cảnh báo!

-f --định dạng
Bỏ qua việc phát hiện định dạng tệp trình tự thông thường và buộc chương trình phải sử dụng
định dạng được chỉ định. Các định dạng hợp lệ là bam, sam, bam_mapped, sam_mapped và fastq

-t --chủ đề
Chỉ định số lượng tệp có thể được xử lý đồng thời. Mỗi chủ đề
sẽ được phân bổ 250MB bộ nhớ, do đó bạn không nên chạy nhiều luồng hơn
bộ nhớ khả dụng sẽ đáp ứng và không quá 6 luồng trên máy 32 bit

-c Chỉ định một tệp không phải mặc định chứa danh sách

--chất gây ô nhiễm
chất gây ô nhiễm để sàng lọc các trình tự có đại diện quá mức để chống lại. Tệp phải chứa
tập hợp các chất gây ô nhiễm được đặt tên trong trình tự tên biểu mẫu [tab]. Các dòng có tiền tố là
băm sẽ bị bỏ qua.

-k --kmer
Chỉ định độ dài của Kmer cần tìm trong mô-đun nội dung Kmer. Kmer được chỉ định
độ dài phải từ 2 đến 10. Độ dài mặc định là 5 nếu không được chỉ định.

-q --Yên lặng
Chặn tất cả các thông báo tiến trình trên stdout và chỉ báo cáo lỗi.

Sử dụng fastqc trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net