Đây là lệnh gmx-velacc có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình mô phỏng trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
gmx-velacc - Tính hàm tự tương quan vận tốc
SYNOPSIS
gmx velacc [-f [<.trr / .cpt / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-khúc xương [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[hiện nay] [-xvg ] [-[không] tôi] [- [không] người nhận]
[- [không] mol] [-acflen ] [- [không] bình thường hóa] [-P ]
[-fitfn ] [-bắt đầu ] [-endfit ]
MÔ TẢ
GMX velacc tính hàm tự tương quan vận tốc. Khi mà -m tùy chọn được sử dụng,
hàm tự tương quan động lượng được tính toán.
với tùy chọn -mol hàm tự tương quan vận tốc của các phân tử được tính toán. Trong này
trường hợp nhóm chỉ số nên bao gồm số phân tử thay vì số nguyên tử.
Hãy chắc chắn rằng quỹ đạo của bạn chứa các khung có thông tin vận tốc (tức là nstvout là
đặt trong bản gốc của bạn .mdp tập tin) và khoảng thời gian giữa các điểm thu thập dữ liệu
ngắn hơn nhiều so với thang thời gian của tự tương quan.
LỰA CHỌN
Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:
-f [<.trr / .cpt / ...>] (traj.trr)
Quỹ đạo hoàn toàn chính xác: trr cpt tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (Tùy chọn)
Cấu trúc + khối lượng (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Tùy chọn)
Tệp chỉ mục
Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:
-o [<.xvg>] (vac.xvg)
tệp xvgr / xmgr
-khúc xương [<.xvg>] (phổ.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr
Các lựa chọn khác:
-b (0)
Khung đầu tiên (ps) để đọc từ quỹ đạo
-e (0)
Khung cuối cùng (ps) để đọc từ quỹ đạo
-dt (0)
Chỉ sử dụng khung khi t MOD dt = lần đầu tiên (ps)
-[hiện nay (không)
Xem đầu ra .xvg, .xpm, .eps và .pdb các tập tin
-xvg
định dạng âm mưu xvg: xmgrace, xmgr, không có
-[không] tôi (không)
Tính hàm tự tương quan động lượng
- [không] người nhận (Đúng)
Sử dụng cm^-1 trên trục X thay vì 1/ps cho quang phổ.
- [không] mol (không)
Tính vận tốc acf của phân tử
-acflen (-1)
Độ dài của ACF, mặc định là một nửa số khung hình
- [không] bình thường hóa (Đúng)
Chuẩn hóa ACF
-P (0)
Thứ tự của đa thức Legendre cho ACF (0 cho biết không có): 0, 1, 2, 3
-fitfn (None)
Hàm Fit: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-bắt đầu (0)
Thời gian bắt đầu sự phù hợp theo cấp số nhân của hàm tương quan
-endfit (-1)
Thời gian kết thúc sự phù hợp theo cấp số nhân của hàm tương quan, -1 là cho đến khi
cuối
Sử dụng gmx-velacc trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net
