Đây là lệnh pynast có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
PyNAST - sự liên kết của các chuỗi DNA ngắn
SYNOPSIS
tháp pháo [lựa chọn] {-tôi đầu vào_fp -t mẫu_fp}
MÔ TẢ
[] cho biết đầu vào tùy chọn (đơn hàng không quan trọng) {} cho biết đầu vào bắt buộc (đơn hàng
không quan trọng)
Ví dụ sử dụng:
tháp pháo -i my_input.fasta -t my_template.fasta
LỰA CHỌN
--phiên bản
hiển thị số phiên bản của chương trình và thoát
-h, --Cứu giúp
hiển thị thông báo trợ giúp này và thoát
-t TEMPLATE_FP, --template_fp=TEMPLATE_FP
đường dẫn đến tệp căn chỉnh mẫu [BẮT BUỘC]
-i INPUT_FP, --input_fp=INPUT_FP
đường dẫn đến tệp fasta đầu vào [BẮT BUỘC]
-v, --dài dòng
Trạng thái in và các thông tin khác trong quá trình thực thi [mặc định: Sai]
-p MIN_PCT_ID, --min_pct_id=MIN_PCT_ID
nhận dạng trình tự phần trăm tối thiểu để coi một chuỗi là khớp [mặc định: 75.0]
-l MIN_LEN, --min_len=MIN_LEN
độ dài trình tự tối thiểu để bao gồm trong căn chỉnh NAST [mặc định: 1000]
-m PAIRWISE_ALIGNMENT_METHOD, --pairwise_alignment_method=PAIRWISE_ALIGNMENT_METHOD
phương pháp để thực hiện căn chỉnh theo cặp [default: uclust]
-a FASTA_OUT_FP, --fasta_out_fp=FASTA_OUT_FP
đường dẫn để lưu trữ tệp căn chỉnh kết quả [mặc định: dẫn xuất từ đường dẫn tệp đầu vào]
-g LOG_FP, --log_fp=LOG_FP
đường dẫn để lưu trữ tệp nhật ký [mặc định: dẫn xuất từ đường dẫn tệp đầu vào]
-f FAILURE_FP, --failure_fp=FAILURE_FP
đường dẫn để lưu trữ tệp seq không căn chỉnh được [mặc định: có nguồn gốc từ đầu vào
đường dẫn tập tin]
-e MAX_E_VALUE, --max_e_value=MAX_E_VALUE
Đã khấu hao. Sẽ bị xóa trong PyNAST 1.2
-d BLAST_DB, --blast_db=BLAST_DB
Đã khấu hao. Sẽ bị xóa trong PyNAST 1.2
Sử dụng pynast trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
