Đây là lệnh rdp_classifier có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
rdp_classifier - phân loại phân loại từ giải trình tự thế hệ tiếp theo
SỬ DỤNG:
rdp_classifier [-NS ] [-NS ] [-o ] [-NS ] [-NS ] [-w ]
MÔ TẢ
RDP Classifier là một trình phân loại Bayesian nave có thể cung cấp nhanh chóng và chính xác
phân loại phân loại từ miền sang chi, với các ước tính độ tin cậy cho mỗi lần phân công.
-f,--định dạng
tất cả định dạng đầu ra được phân tách bằng tab: [allrank | fixrank | db]. Mặc định là allrank.
allrank: xuất kết quả cho tất cả các cấp bậc được áp dụng cho từng chuỗi: seqname,
định hướng, tên đơn vị phân loại, xếp hạng, thú nhận, ... fixrank: chỉ xuất kết quả cho
các cấp bậc cố định theo thứ tự: miền, ngành, lớp, thứ tự, họ, chi db: xuất ra
seqname, trainet_no, tax_id, conf. Điều này rất tốt cho việc lưu trữ trong cơ sở dữ liệu
-g, - gen
16srrna | Mushallsu, mô hình huấn luyện mặc định cho các gen 16S rRNA hoặc Fungal LSU.
Tùy chọn này sẽ bị ghi đè bởi --train_propfile tùy chọn
-o, - outputFile
tên tệp đầu ra để phân loại
-q, - queryFile
tệp truy vấn chứa các chuỗi ở một trong các định dạng sau: Fasta, Genbank và
EMBL
-t, - train_propfile
chỉ định một tệp thuộc tính có chứa ánh xạ của các tệp đào tạo nếu nó nằm
bên ngoài dữ liệu / bộ phân loại /. Lưu ý: tệp đào tạo và tệp thuộc tính phải
ở trong cùng một thư mục. Tệp thuộc tính mặc định được đặt thành
data / classifier / 16srrna / rRNAClassifier.properties.
-w, - minWords
số từ tối thiểu cho mỗi lần dùng thử bootstrap, Mặc định là 1/8 số từ.
Tối thiểu là 5
Sử dụng rdp_classifier trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
