Đây là lệnh reprof có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
reprof - dự đoán cấu trúc bậc hai của protein và khả năng tiếp cận dung môi
SYNOPSIS
reprof -i [query.blastPsiMat] [TÙY CHỌN]
reprof -i [query.fasta] [TÙY CHỌN]
reprof -i [query.blastPsiMat | query.fasta] --mutations [mut.txt] [TÙY CHỌN]
MÔ TẢ
Dự đoán cấu trúc bậc hai của protein và khả năng tiếp cận dung môi.
Đầu ra Định dạng
Định dạng đầu ra là tự giải thích, tức là các cột của đầu ra được mô tả trong
tập tin đầu ra của chính nó.
LỰA CHỌN
-tôi, --đầu vào=FILE
Nhập tệp ma trận BLAST PSSM (từ tùy chọn Blast -Q) hoặc đầu vào (đơn) tệp FASTA.
-ồ, --ngoài=FILE
Một tệp đầu ra hoặc một thư mục. Nếu không được cung cấp hoặc một thư mục, hậu tố của
tên tệp đầu vào (tức là .fasta hoặc .blastPsiMat) được thay thế để tạo đầu ra
tên tệp.
--đột biến=[tất cả | FILE]
Từ khóa "tất cả" để dự đoán tất cả các đột biến có thể xảy ra hoặc một tệp chứa
các đột biến một trên mỗi dòng chẳng hạn như "C12M" cho C được đột biến thành M ở vị trí 12:
C30Y
R31W
G48D
Mã đột biến này cũng được gắn vào tên tệp đầu ra bằng cách sử dụng "_". Một bổ sung
tệp kết thúc "_ORI" chứa dự đoán không sử dụng thông tin tiến hóa ngay cả khi
Ma trận BLAST PSSM đã được cung cấp.
--modeldir=DIR
Thư mục nơi lưu trữ các tệp mô hình và tính năng. Vỡ nợ: / usr / share / reprof.
Sử dụng reprof trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
