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gmx-dyndom - 内插和外推结构旋转

概要

gmx 动态 [-f [<.pdb>][-n [<.ndx>][-o [<.xtc/.trr/...>]]
[-第一角 [-长角 [-nframe ]
[-最大角度 [-反式 [-头 ]
[-尾巴 ]

商品描述

GMX 动态 读一个 .pdb DynDom 的文件输出（http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/）。 它
读取坐标、旋转轴的坐标和包含的索引文件
域。 此外，它将箭头文件的第一个和最后一个原子作为命令
行参数（头和尾），最后它采用平移向量（在
DynDom 信息文件）和旋转角度（也作为命令行参数）。 如果角度
由 DynDom 确定，一个应该能够恢复用于的第二个结构
生成 DynDom 输出。 由于数值精度有限，这应该是
通过计算全原子 RMSD（使用 GMX 确认) 而不是通过文件比较
（使用差异）。

该程序的目的是内插和外推由
动力系统。 结果是具有长键或短键或重叠原子的非物理结构
可能会产生。 可能需要目视检查和能源最小化来验证
结构。

配置

指定输入文件的选项：

-f [<.pdb>] （动态.pdb）
蛋白质数据库文件

-n [<.ndx>] （域.ndx）
索引文件

指定输出文件的选项：

-o [<.xtc/.trr/...>] （旋转.xtc）
弹道： 狂喜 TRR 伟大 g96 资料库 TNG

其他选项：

-第一角 (0)
关于旋转矢量的旋转角度

-长角 (0)
关于旋转矢量的旋转角度

-nframe (11)
路径上的步骤数

-最大角度 (0)
DymDom 确定旋转矢量的旋转角度

-反式 (0)
沿旋转矢量的平移（埃）（参见 DynDom 信息文件）

-头 (0 0 0)
箭头向量的第一个原子

-尾巴 (0 0 0)
箭头向量的最后一个原子

使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-dyndom