这是命令 proalign 可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
proalign - 一个概率多重对齐程序
概要
前对齐 [选项]
商品描述
从命令行只能有限地使用该程序。 更好地使用版本
GUI（开始时没有选项）。
配置
-nogui 强制命令行
-seqfile= 档案>
-树文件= 档案>
-新树
计算一个新的引导树
-样品
样本回溯路径； 如果没有给出，则选择维特比
-delta= 增量> or -delta=估计
如果未给出，则使用默认值
-epsilon= ε> or -epsilon=估计
如果未给出，则使用默认值
-gapfreq= 频率>
如果未给出，则使用默认值
-gapprob= 代换 概率>
如果未给出，则使用默认值
-bwidth= 带 宽度>
如果未给出，则使用默认值
-distscale= 规模 因素>
对于分支长度
-没有更正
没有修正引导树计算的成对距离
-尾随
无尾随序列校正
-尾随= 序列 更正 长度>
对于缺失的末端
-惩罚=真， or =假
惩罚引导树成对对齐的末端间隙
-写平均
写出位点的平均后验概率
-writeall
写出每个节点的后验概率
-writeroot
写根节点字符概率
-摇摆 使用 WAG 概率表
-戴霍夫
使用 Dayhoff 概率表
-jtt 使用 JTT 概率表
-输出文件= 档案>
-outformat=pir, -输出格式=msf， -outformat=菲利普， or -outformat=关系
输出格式
-安静的 没有日志
使用 onworks.net 服务在线使用 proalign
