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probabel - 包装三个 ProbABEL 二进制文件，简化它们的使用

概要

概率 铬启动 铬停止 方法 同类群组 型号 表型 [OTHER_OPTIONS]

商品描述

概率 是三个 ProbABEL 二进制文件的包装器： 线性的, 病理学家及 帕考夫.

它旨在通过保存全基因组关联研究 (GWAS) 来简化运行
用户的宝贵时间有两种方式：

1）它运行所有染色体的回归分析 铬启动 至 铬停止.

2) 与上面提到的三个二进制文件相比， 概率 用户不需要
指定所需基因数据文件的位置。 他们的位置在市中心
在配置文件中管理（/etc/probabel_config.cfg 默认）。

配置

其他要求 命令 线 选项
铬启动
开始分析的染色体编号。

铬端
分析结束时的染色体数。

请注意，可以通过指定相同的数字来运行单个染色体的分析
铬启动 和 铬停止. 实际上，这是对 X 或 Y 进行分析的方法
染色体

方法 使用哪种回归方法，可以是其中之一 线性, 物流， or 考克斯.

同类群组 队列中定义的名称 /etc/probabel_config.cfg 文件。 使用
来自配置文件的群组标识符，三个实际的 ProbABEL 二进制文件知道
在哪里可以找到基因型信息文件（剂量文件和/或概率文件）
文件）。

型号 要使用的遗传模型。 可以是 - 添加剂 对于加性模型
（需要剂型中的基因型数据），或 --所有型号 运行所有遗传模型：
加性、隐性、显性、过度显性和 2df。

表型
表型文件的名称，不带扩展名（应该是 .PHE！）。

其他 选项
在（强制性）先前的选项之后列出的任何选项都将传递给底层证券
二进制： 线性的, 病理学家 or 帕考夫，具体取决于 方法.

最常用的选项是 -o 选项，后跟文件名，这指定
输出文件的文件名的开头。

额外 选项
-H， - 帮帮我 获取有关如何跑步的额外帮助 概率. 在这种情况下没有其他
需要指定选项。

示例

这运行使用线性回归和加性遗传的全基因组关联扫描
队列模型 我的大队列 对于表型 我的表型:

概率 1 22 线性 "My_Large_Cohort" --additive my_phenotype

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