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clustalw - 核酸和蛋白质序列的多重比对

概要

集群 [-infile] 文件.ext [配置]

集群 [-救命 | -全力帮助]

商品描述

Clustal W 是用于 DNA 或蛋白质的通用多重比对程序。

该程序执行许多核苷酸或氨基酸序列的同时比对。 它
通常以交互方式运行，提供菜单和在线帮助。 如果您更喜欢使用
在命令行（批处理）模式下，您必须提供几个选项，最小的是
-infile.

配置

数据 （序列）
-输入文件=文件.ext
输入序列。

-配置文件1=文件.ext 和 -配置文件2=文件.ext
配置文件（旧对齐）

动词 （做 事物）
-选项
列出命令行参数。

-救命 or -检查
概述命令行参数。

-全力帮助
输出完整的帮助内容。

-对齐
做完整的多重对齐。

-树
计算 NJ 树。

-pim
输出百分比单位矩阵（在计算树时）。

-引导程序=n
引导 NJ 树（n= 引导程序的数量； 定义。 = 1000）。

-转变
以不同的文件格式输出输入序列。

有无库存 （组 事物）
一般用途总体评估 设置：
-交互的
阅读命令行，然后进入正常的交互菜单。

-快树
对齐引导树使用 FAST 算法。

-类型=
蛋白质 or 的DNA 序列。

-负
蛋白质与矩阵中的负值对齐。

-输出文件=
序列比对文件名。

-输出=
GCG, GDE, 飞利浦, PIR or 关系.

-输出顺序=
INPUT or 已对齐

-案件
LOWER or 上 （仅适用于 GDE 输出）。

-seqnos=
OFF or ON （仅适用于 Clustal 输出）。

-seqnos_range=
OFF or ON （新：适用于所有输出格式）。

-范围=m,n
写入开始的序列范围 m 至 m+n.

-最大序列=n
允许的最大输入序列长度。

-安静的
将控制台输出减少到最低限度。

-统计=文件
记录一些对齐统计信息到 文件.

快速 成对 对齐方式：
-k元组=n
字大小。

-topdiags=n
最佳诊断的数量。

-窗口=n
最佳诊断周围的窗口。

-对间隙=n
间隙惩罚。

-得分
百分 or 绝对.

放慢 成对 对齐方式：
-pw矩阵=
:蛋白质重量矩阵=花开, PAM, 戈内特, ID or 文件名

-pwdmatrix=
DNA权重矩阵=花开宫内节育器 花开CLUSTALW 或 花开文档名称。

-pwgopen=f
间隙开罚。

-pwgapext=f
间隙扩展惩罚。

多 对齐方式：
-新树=
新指南树的文件。

-使用树=
旧指南树的文件。

-矩阵=
蛋白质重量矩阵=花开, PAM, 戈内特, ID or 文件名.

-dmatrix=
DNA权重矩阵=宫内节育器, 俱乐部 or 文件名.

-gopen=f
间隙开罚。

-间隙=f
间隙扩展惩罚。

-接合
无端间隙分离笔。

-间隙距离=n
间隙分离笔。 范围。

-无间隙
残留特定间隙关闭。

-nohgap
亲水间隙关闭。

-hga残基=
列出亲水性资源。

-最大div=n
延迟的百分比标识。

-类型=
蛋白质 or 的DNA

-转重=f
过渡加权。

-迭代=
没有 or 树 or 对准.

-数字=n
要执行的最大迭代次数。

简介 对齐方式：
-轮廓
通过轮廓对齐合并两个对齐。

-新树1=
profile1 的新指南树文件。

-新树2=
profile2 的新指南树文件。

-使用树1=
profile1 的旧指南树文件。

-使用树2=
profile2 的旧指南树文件。

序列 至 简介 对齐方式：
-序列
依次将 profile2 序列添加到 profile1 比对中。

-新树=
新指南树的文件。

-使用树=
旧指南树的文件。

结构 对齐方式：
-nosecstr1
不要对配置文件 1 使用二级结构间隙惩罚掩码。

-nosecstr2
不要对配置文件 2 使用二级结构间隙惩罚掩码。

-secstrout=结构 or MASK or 都 or 没有
在对齐文件中输出。

-螺旋间隙=n
螺旋核心残基的间隙惩罚。

-链间隙=n
链核心残基的间隙惩罚。

环隙=n
循环区域的间隙惩罚。

-终端间隙=n
结构末端的间隙惩罚。

-螺旋末端素=n
螺旋内被视为末端的残基数。

-螺旋输出=n
螺旋外被视为末端的残基数。

-strandendin=n
链内被视为末端的残基数。

-strandout=n
要作为末端处理的链外的残基数。

树木：
-输出树=nj OR 飞利浦 OR DIST OR 关系

-种子=n
引导程序的种子编号。

-木村
使用木村的修正。

-抛头露面
忽略有间隙的位置。

-引导标签=节点
树显示中引导值的位置。

-聚类=
新泽西州或 UPGMA。

使用 onworks.net 服务在线使用 clustalw