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hmm2calibrate - 校准 HMM 搜索统计

概要

hmm2校准 [选项] 文件

商品描述

hmm2校准 从中读取 HMM 文件 嗯文件， 分数大量合成随机
使用它的序列，将极值分布 (EVD) 拟合到那些的直方图
分数，并重新保存 文件 现在包括EVD参数。

hmm2校准 可能需要几分钟（或更长时间）才能运行。 在它运行时，一个
临时文件称为 嗯文件.xxx 在您的工作目录中生成。 如果你中止
hmm2校准 过早地（例如，ctrl-C），您的原始 文件 将原封不动，
你应该删除 嗯文件.xxx 临时文件。

配置

-h 打印简要帮助； 包括版本号和所有选项的摘要，包括
专家选项。

专家 配置

- 中央处理器
设置程序将在其上运行的最大 CPU 数。 默认是使用
机器中的所有 CPU。 覆盖 HMMER_NCPU 环境变量。 仅有的
影响 HMMER 的线程版本（大多数系统上的默认设置）。

- 固定的
固定随机序列的长度为 , 哪里 是正的（并且
大小合理）整数。 默认是生成带有
各种不同的长度，由高斯（正态）分布控制。

--历史文件
将分数的直方图和拟合的理论曲线保存到文件 .

- 意思
将合成序列的平均长度设置为 , 哪里 是正实数
数字。 默认值为 350。

--数字
将合成序列的数量设置为 , 哪里 是一个正整数。 如果
is 减 比 关于 这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 适合 至 这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 埃博拉病毒病 五月 失败。 数量较多
将提供更好的确定的 EVD 参数。 默认为 5000； 这是凭经验
选择作为准确性和计算时间之间的权衡。

--pvm 在并行虚拟机 (PVM) 上运行。 PVM 必须已经在运行。 这
客户程序 hmm2校准-pvm 必须安装在所有 PVM 节点上。 可选的
PVM 支持必须已编译到 HMMER 中。

--sd
设置合成序列长度分布的标准差为 ,
哪里 是一个正实数。 默认是 350。注意高斯是
左截断，以便没有序列的长度 <= 0。

- 种子
将随机种子设置为 , 哪里 是一个正整数。 默认是使用
时间（） 为每次运行生成不同的种子，这意味着两个不同的
运行 hmm2校准 在同一个 HMM 上会给出略有不同的结果。 你
可以使用此选项为不同的对象生成可重现的结果 hmm2校准
在同一个 HMM 上运行。

使用 onworks.net 服务在线使用 hmm2calibrate