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run_gubbins - 基因组序列的系统发育分析

概要

运行古宾斯 [-h] [--outgroup OUTGROUP] [--starting_tree STARTING_TREE] [--use_time_stamp]
[--verbose] [--no_cleanup] [--tree_builder TREE_BUILDER] [--iterations 迭代]
[--min_snps MIN_SNPS] [--filter_percentage FILTER_PERCENTAGE] [--前缀 PREFIX] [--threads
线程] [--converge_method CONVERGE_METHOD] [--version] [--min_window_size
MIN_WINDOW_SIZE] [--max_window_size MAX_WINDOW_SIZE] 对齐文件名

商品描述

Gubbins 支持大样本重组细菌的快速系统发育分析
全基因组序列。

Gubbins (Genealogy Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) 是一种算法
迭代地识别包含碱基取代密度升高的基因座，而
同时构建基于假定点突变之外的系统发育
这些地区。 仿真表明该算法生成高度准确的
在短期细菌进化的现实模型下重建，并且可以运行
只需几个小时即可完成数百个细菌基因组序列的比对。

配置

阵地 参数：
对齐文件名
Multifasta 对齐文件

可选 参数：
-h, - 帮帮我
显示此帮助信息并退出

--外群 外群， -o 外群
用于重新定位的外组名称。 可以使用逗号分隔的名称列表，如果它们
形成一个进化枝

--起始树 STARTING_TREE， -s STARTING_TREE
起始树

--使用时间戳, -u
在文件名中使用时间戳

--详细, -v
开启调试

--no_cleanup, -n
不要清理中间文件

--tree_builder TREE_BUILDER， -t 树建造者
用于构建树的应用程序 [raxml|fasttree|hybrid]，默认 RAxML

--迭代次数 迭代， -i 迭代次数
最大迭代次数，默认为 5

--min_snps MIN_SNPS， -m 最小SNPS
识别重组块的最小 SNP，默认为 3

--过滤百分比 FILTER_PERCENTAGE， -f FILTER_PERCENTAGE
过滤掉超过此百分比差距的分类群，默认为 25

- 字首 字首， -p 字首
为最终输出文件名添加前缀

--线程 线程， -c 螺纹
使用 RAXML 运行的线程数，但前提是 PTHREADS 版本可用

--收敛方法 转换方法， -z 收敛_方法
用于知道何时停止迭代的标准 [权重
ted_robinson_foulds|robinson_foulds|重组]

- 版
显示程序的版本号并退出

--最小窗口大小 MIN_WINDOW_SIZE， -a MIN_WINDOW_SIZE
最小窗口大小，默认 100

--最大窗口大小 MAX_WINDOW_SIZE， -b 最大窗口大小
最大窗口大小，默认 10000

使用 onworks.net 服务在线使用 run_gubbins