এটি MethyMer নামের লিনাক্স অ্যাপ যার সর্বশেষ রিলিজটি MethyMer.plus.DB.v.1.1.tar.gz হিসাবে ডাউনলোড করা যেতে পারে। এটি ওয়ার্কস্টেশনের জন্য বিনামূল্যের হোস্টিং প্রদানকারী OnWorks-এ অনলাইনে চালানো যেতে পারে।
মেথিমার নামের এই অ্যাপটি অনলাইনে ডাউনলোড করুন এবং চালান বিনামূল্যে OnWorks সহ।
এই অ্যাপটি চালানোর জন্য এই নির্দেশাবলী অনুসরণ করুন:
- 1. আপনার পিসিতে এই অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন৷
- 2. আমাদের ফাইল ম্যানেজারে প্রবেশ করুন https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনি যে ইউজারনেম চান।
- 3. এই ধরনের ফাইল ম্যানেজারে এই অ্যাপ্লিকেশনটি আপলোড করুন।
- 4. এই ওয়েবসাইট থেকে OnWorks Linux অনলাইন বা Windows অনলাইন এমুলেটর বা MACOS অনলাইন এমুলেটর শুরু করুন।
- 5. OnWorks Linux OS থেকে আপনি এইমাত্র শুরু করেছেন, আমাদের ফাইল ম্যানেজারে যান https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনার পছন্দের ব্যবহারকারীর নাম সহ।
- 6. অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন, এটি ইনস্টল করুন এবং এটি চালান।
স্ক্রীনশটগুলি
Ad
মেথিমার
বর্ণনাঃ
MethyMer হল একটি পাইথন-ভিত্তিক টুল যার লক্ষ্য সম্পূর্ণ CpG দ্বীপের পরিবর্ধনের জন্য নির্দিষ্ট প্রাইমার নির্বাচন করা। এই অঞ্চলগুলি কম জটিলতা, পলিএন-, সিজি-সমৃদ্ধতা ইত্যাদির কারণে উপযুক্ত প্রাইমার নির্বাচনের ক্ষেত্রে কঠিন।
মেথিমারের একটি নমনীয় স্কোরিং সিস্টেম রয়েছে যা সমস্যাযুক্ত অঞ্চলে প্রাইমার নির্বাচন করতে সক্ষম (যেমন এসপিজি দ্বীপপুঞ্জ) এবং এতে নির্দিষ্টতা পরীক্ষা অন্তর্ভুক্ত রয়েছে (বাইসালফাইট-চিকিত্সা করা জিনোমের বিরুদ্ধে বোটি সারিবদ্ধতার উপর ভিত্তি করে)।
এটি TCGA CpG মিথিলেশন (মাইক্রোয়েরে) এবং জিন এক্সপ্রেশন (RNA-Seq) ডেটা, সেইসাথে 20 টি মানব ক্যান্সারের জন্য মিথিলেশন-এক্সপ্রেশন পারস্পরিক সম্পর্ক বিশ্লেষণের ফলাফলগুলিকে অন্তর্ভুক্ত করে।
এনকোড জিনোম অঞ্চলের টীকা ডেটাও মেথিমারে একত্রিত করা হয়েছে
বৈশিষ্ট্য
- সম্পূর্ণ CpG দ্বীপ বা অন্যান্য টার্গেট জিনোমিক অঞ্চলকে প্রশস্ত করতে সক্ষম প্রাইমার জোড়ার সমন্বয় বাছাই;
- নমনীয় এবং tweakable স্কোরিং সিস্টেম
- নির্দিষ্টতা পরীক্ষা
- টিসিজিএ থেকে প্রাপ্ত 450 টি টিউমার প্রকারের জন্য ইন্টিগ্রেটেড CpG মেথিলেশন ডেটা (ইলুমিনা ইনফিনিয়াম হিউম্যান মেথিলেশন 20K মাইক্রোয়ারে)
- ইন্টিগ্রেটেড TCGA RNA-Seq – CpG মিথিলেশন অ্যাসোসিয়েশন ডেটা অধ্যয়ন করে
- ভিজ্যুয়ালাইজেশন: সিজি কন্টেন্ট প্লট, স্কোর প্লট, প্রাইমার স্পেসিফিকিটি প্লট, এনকোড জিনোম টীকা, টিসিজিএ ডেটা
ব্যবহারকারী ইন্টারফেস
কনসোল/টার্মিনাল
প্রোগ্রামিং ভাষা
পাইথন
বিভাগ
এটি একটি অ্যাপ্লিকেশন যা https://sourceforge.net/projects/methymer/ থেকেও আনা যেতে পারে। আমাদের বিনামূল্যের অপারেটিভ সিস্টেমগুলির মধ্যে একটি থেকে সবচেয়ে সহজ উপায়ে অনলাইনে চালানোর জন্য এটি OnWorks-এ হোস্ট করা হয়েছে।
