Dies ist die Befehlsart, die im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
art - Artemis Genom Browser und Annotation Tool
ZUSAMMENFASSUNG
Art [Optionen] SEQUENCE_FILE [+FEATURE_FILE...]
OPTIONAL
SEQUENCE_FILE Eine EMBL-, GenBank-, FASTA- oder GFF3-Datei
FEATURE_FILE Eine Artemis-TAB-Datei oder GFF-Datei
-options DATEI Liest eine Textdatei mit Optionen aus DATEI
-debug Stattdessen mit der Debugging-JVM ausführen
-schnell | -fast64 Verwenden Sie FastVM (hp Tru64 UNIX) mit 32/64 Bit
Zeiger
-Dblack_belt_mode=? Warnmeldungen auf ein Minimum beschränken [true,false]
-Doffset=XXX Viewer an Basisposition XXX öffnen [Ganzzahl >= 1]
-Duserplot=FILE[,FILE2] Öffne ein oder mehrere Userplots
-Dloguserplot=FILE[,FILE2] Öffne einen oder mehrere Userplots, nimm log(data)
-Dbam=FILE[,FILE2,...] Öffne eine oder mehrere BAM-, VCF- oder BCF-Dateien
-DbamClone=n Alle BAMs in mehreren (n > 1) Panels öffnen
-Dbam[1,2,..]=FILE[,FILE2,..] BAMs in separaten Panels öffnen
-Dshow_snps SNP-Markierungen in BamView anzeigen
-Dshow_snp_plot SNP-Plot in BamView öffnen
-Dshow_cov_plot Offenes Abdeckungsdiagramm in BamView
-Dshow_forward_lines=? Vorwärtsrahmenlinien aus-/einblenden [true,false]
-Dshow_reverse_lines=? Umgekehrte Rahmenlinien aus-/einblenden [true,false]
-Dchado="h:p/d?u" Bring Artemis dazu, diese CHADO-Datenbank zu öffnen
-Dread_only CHADO-Datenbank schreibgeschützt öffnen
Beispiele:
% Art. AJ006275.embl
% art contigs.fa +annotation.gff +islands.tab
% art -Dblack_belt_mode=true -Dbam=ecoli_hiseq.bam E_coli_K12.gbk
% art -Duserplot=repeatmap.plot,geecee.plot Plasmid.gff3
Verwenden Sie Kunst online mit den Diensten von onworks.net
