Este es el arte de comando que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
art: navegador del genoma de Artemis y herramienta de anotación
SINOPSIS
artículo [opciones] SECUENCIA_FILE [+ FEATURE_FILE...]
OPCIONES
SEQUENCE_FILE Un archivo EMBL, GenBank, FASTA o GFF3
FEATURE_FILE Un archivo TAB de Artemis o un archivo GFF
-options ARCHIVO Leer un archivo de texto de opciones de ARCHIVO
-debug Ejecutar usando la JVM de depuración en su lugar
-fast | -fast64 Utilice FastVM (hp Tru64 UNIX) con 32/64 bits
punteros
-Dblack_belt_mode =? Mantenga los mensajes de advertencia al mínimo [verdadero, falso]
-Doffset = XXX Visor abierto en la posición base XXX [entero> = 1]
-Duserplot = FILE [, FILE2] Abre uno o más userplots
-Dloguserplot = FILE [, FILE2] Abre una o más tramas de usuario, toma el registro (datos)
-Dbam = FILE [, FILE2, ...] Abre uno o más archivos BAM, VCF o BCF
-DbamClone = n Abrir todos los BAM en varios (n> 1) paneles
-Dbam [1,2, ..] = FILE [, FILE2, ..] Abrir BAM en paneles separados
-Dshow_snps Muestra las marcas SNP en BamView
-Dshow_snp_plot Abrir gráfico SNP en BamView
-Dshow_cov_plot Gráfica de cobertura abierta en BamView
-Dshow_forward_lines =? Ocultar / mostrar líneas de fotograma de avance [verdadero, falso]
-Dshow_reverse_lines =? Ocultar / mostrar líneas de marco inverso [verdadero, falso]
-Dchado = "h: p / d? U" Consigue que Artemis abra esta base de datos CHADO
-Dread_only Abrir la base de datos CHADO como solo lectura
EJEMPLOS
% arte AJ006275.embl
% art contigs.fa + annotation.gff + islands.tab
% art -Dblack_belt_mode = true -Dbam = ecoli_hiseq.bam E_coli_K12.gbk
% art -Duserplot = repeatmap.plot, geecee.plot Plasmid.gff3
Usa arte en línea usando los servicios de onworks.net
