Este es el comando fastq-stats que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
fastq-stats - ea-utils: produce muchas estadísticas fáciles de digerir
SINOPSIS
estadísticas fastq [opciones]
DESCRIPCIÓN
Versión: 1.01 $ Id: fastq-stats.cpp 652 2013-09-17 17: 40: 32Z earonesty $
Produce muchas estadísticas fáciles de digerir para los archivos enumerados
Opciónes
-c cyclemax: ciclos máximos para los que se producen las siguientes estadísticas de calidad [35] -w INT
ventana: tamaño máximo de ventana para generar estadísticas de lectura duplicadas [2000000] -d depurar:
imprime declaraciones de depuración -D no hagas estadísticas de lectura duplicadas -s INT número de top
lecturas duplicadas para mostrar -x Estadísticas de salida de FIL fastx (requiere un nombre de archivo de salida) -b
Desglose de la base de salida de FIL por calidad phred en cada ciclo.
Establece cylemax a la longitud de lectura más larga
-L FIL Conteo de longitud de salida
Los siguientes datos se imprimen en la salida estándar:
lee: # lecturas en el archivo fastq
len: longitud de lectura. mean y stdev se proporcionan para longitudes de lectura variables
phred: escala phred utilizada
tamaño de ventana
: Número de lecturas utilizadas para generar estadísticas de lectura duplicadas
ciclo-máximo
: Número de bases para evaluar la duplicidad
dups: número de lecturas duplicadas
% dup: porcentaje de lecturas duplicadas
secuencia única-dup
: Secuencias numéricas duplicadas
recuento mínimo de dup
: El recuento de duplicados más pequeño para cualquier secuencia duplicada
dup seq
: Enumera las 10 lecturas duplicadas más frecuentes junto con la media de recuento y stdev
qual: calidad base mínima, máxima y media
% A,% T,% C,% G
: porcentajes base
bases totales
: número total de bases
Use fastq-stats en línea usando los servicios de onworks.net
