Este es el comando gmx-sorient que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-sorient: analiza la orientación del disolvente alrededor de los solutos
SINOPSIS
sorient gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-No [<.xvg>]] [-ro [<.xvg>]]
[-co [<.xvg>]] [-rc [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ahora] [-xvg ] [- [no] com] [- [no] v23]
[-rmin ] [-rmax ] [-cbin ]
[-rbin ] [- [no] pbc]
DESCRIPCIÓN
GMX oriente analiza la orientación del disolvente alrededor de los solutos. Calcula dos ángulos entre
el vector desde una o más posiciones de referencia hasta el primer átomo de cada disolvente
molécula:
· Theta_1: el ángulo con el vector desde el primer átomo de la molécula de disolvente al
punto medio entre los átomos 2 y 3.
· Theta_2: el ángulo con la normal del plano del solvente, definido por los mismos tres
átomos, o, cuando la opción -v23 se establece, el ángulo con el vector entre los átomos 2 y
3.
La referencia puede ser un conjunto de átomos o el centro de masa de un conjunto de átomos. El grupo de
Los átomos de disolvente deben constar de 3 átomos por molécula de disolvente. Solo moléculas de disolvente
entre -rmin y -rmax son considerados para -o y -No cada cuadro.
-o: distribución de cos (theta_1) para rmin <= r <= rmax.
-No: distribución de cos (theta_2) para rmin <= r <= rmax.
-ro: y <1cos (^ 3theta_2) -2> en función de la distancia.
-co: la suma de todas las moléculas de disolvente a una distancia r de cos (theta_1) y
3cos (^ 2 (theta_2) -1) en función de r.
-rc: la distribución de las moléculas de disolvente en función de r
OPCIONES
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Estructura + masa (db): tpr gro g96 pdb entrada de freno
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Archivo de índice
Opciones para especificar archivos de salida:
-o [<.xvg>] (sori.xvg)
archivo xvgr / xmgr
-No [<.xvg>] (ronquido.xvg)
archivo xvgr / xmgr
-ro [<.xvg>] (sord.xvg)
archivo xvgr / xmgr
-co [<.xvg>] (escoria.xvg)
archivo xvgr / xmgr
-rc [<.xvg>] (recuento.xvg)
archivo xvgr / xmgr
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-dt (0)
Utilice el marco solo cuando t MOD dt = primera vez (ps)
-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos
-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none
- [no] com (no)
Utilice el centro de masa como posición de referencia
- [no] v23 (no)
Usa el vector entre los átomos 2 y 3
-rmin (0)
Distancia mínima (nm)
-rmax (0.5)
Distancia máxima (nm)
-cbin (0.02)
Binwidth para el coseno
-rbin (0.02)
Binwidth para r (nm)
- [no] pbc (no)
Verifique el PBC para el cálculo del centro de masa. Solo es necesario cuando su referencia
grupo consta de varias moléculas.
Utilice gmx-sorient en línea utilizando los servicios de onworks.net
