Este es el comando pródigo que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
prodigal - programa de búsqueda de genes microbianos (bacterianos y arqueales)
SINOPSIS
pródigo [-a archivo_transferencia] [-c] [-d archivo_nuc] [-f Tipo de salida] [-g tabla_tr] [-h] [-i
archivo_entrada] [-m] [-n] [-o archivo_salida] [-p modo] [-q] [-s archivo_inicio] [-t archivo_entrenamiento]
[-v]
DESCRIPCIÓN
Prodigal (algoritmo de búsqueda de genes de programación dinámica procariota) es un
y arqueas) programa de búsqueda de genes desarrollado en el Laboratorio Nacional de Oak Ridge y el
Universidad de Tennessee.
OPCIONES
-a: Escribe traducciones de proteínas en el archivo seleccionado.
-c: Extremos cerrados. No permita que los genes se salgan de los bordes.
-d: Escribe secuencias de nucleótidos de genes en el archivo seleccionado.
-f: Seleccione el formato de salida (gbk, gff o sco). El valor predeterminado es gbk.
-g: Especifique una tabla de traducción para usar (por defecto 11).
-h: Imprime el menú de ayuda y sale.
-i: Especifique el archivo de entrada (el valor predeterminado se lee desde stdin).
-m: Trate las ejecuciones de n como secuencias enmascaradas y no cree genes a través de ellas.
-n: Omita el entrenador Shine-Dalgarno y fuerce al programa a buscar motivos.
-o: Especifique el archivo de salida (escritura predeterminada en stdout).
-p: Seleccionar procedimiento (sencillo o meta). El valor predeterminado es único.
-q: Ejecutar silenciosamente (suprime la salida stderr normal).
-s: Escriba todos los genes potenciales (con puntuaciones) en el archivo seleccionado.
-t: Escriba un archivo de entrenamiento (si no existe); de lo contrario, lea y use el especificado
archivo de entrenamiento.
-v: Imprime el número de versión y sal.
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